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1804年，富尔顿改变了立场并移居英国，受首相小威廉·皮特委托，为英国皇家海军建造一系列武器，以应对拿破仑的入侵威胁。他的发明包括世界上第一批现代海军“鱼雷”（即现代的“水雷”）。这些发明连同他的其他几项发明在1804年的布洛涅突袭中进行了测试，但收效甚微。尽管富尔顿直到1806年仍继续与英国人合作开发他的发明，但霍雷肖·纳尔逊海军上将在1805年特拉法尔加海战中的决定性胜利大大降低了法国入侵的风险。富尔顿逐渐被冷落。

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