كان بيتهوفن طريح الفراش لمعظم الأشهر المتبقية له، وجاء العديد من الأصدقاء لزيارته. توفي في 26 مارس عام 1827 عن عمر يناهز 56 عامًا خلال عاصفة رعدية. قال صديقه أنسيلم هوتنبرينر، الذي كان حاضراً في ذلك الوقت، إن دوي الرعد كان لحظة وفاته. كشف تشريح الجثة عن تلف كبير في الكبد، والذي قد يكون بسبب الاستهلاك المفرط للكحول. كما كشفت عن اتساع كبير في الأعصاب السمعية والأعصاب الأخرى ذات الصلة.
حضر موكب جنازة بيتهوفن في 29 مارس 1827 ما يقدر بنحو 20 ألف شخص. كان فرانز شوبرت، الذي توفي في العام التالي ودُفن بجانبه، أحد حاملي الشعلة. تم دفنه في قبر مخصص في مقبرة ويرنغ، شمال غرب فيينا، بعد قداس في كنيسة الثالوث المقدس. تم استخراج رفاته للدراسة في عام 1862 وانتقلت في عام 1888 إلى سينترالفريدهوف في فيينا. في عام 2012، تم فحص سردبه لمعرفة ما إذا كانت أسنانه قد سُرقت خلال سلسلة من عمليات السطو على المقابر التي تعرض لها مؤلفون موسيقيون آخرون من فيينا.