في المرحلة الثالثة والأخيرة، التي بدأت في مارس عام 1900 واستمرت عامين آخرين، شن البوير حرب عصابات قاسية، حيث هاجموا صفوف القوات البريطانية ومواقع التلغراف والسكك الحديدية ومستودعات التخزين. لرفض الإمدادات عن مقاتلي البوير، تبنى البريطانيون، تحت قيادة اللورد كيتشنر الآن، سياسة الأرض المحروقة. قاموا بتطهير مناطق بأكملها، ودمروا مزارع البوير ونقل المدنيين إلى معسكرات الاعتقال.
معركة بوبلار غروف. كان حادثًا في 7 مارس عام 1900 أثناء حرب البوير الثانية في جنوب إفريقيا. تبع ذلك من إغاثة كيمبرلي حيث تحرك الجيش البريطاني للاستيلاء على عاصمة البوير بلومفونتين. أصيب البوير بالإحباط بعد استسلام بييت كرونجي في معركة بارديبرج.
بعد سلسلة من الهزائم، أدرك البوير أنه في مواجهة هذه الأعداد الهائلة من القوات، لم يكن لديهم سوى فرصة ضئيلة لهزيمة البريطانيين وبالتالي أصبحوا محبطين. ثم تقدم روبرتس إلى ولاية أورانج الحرة ستيت من الغرب، مما دفع البوير إلى الفرار في معركة بوبلار جروف والاستيلاء على بلومفونتين، العاصمة، دون معارضة في 13 مارس مع هروب المدافعين البوير وتشتت. في غضون ذلك، قام بفصل قوة صغيرة للتخلص من بادن باول.
في 15 مارس عام 1900، أعلن اللورد روبرتس العفو عن جميع المواطنين، باستثناء القادة، الذين أقسموا قسم الحياد وعادوا بهدوء إلى منازلهم. تشير التقديرات إلى أن ما بين 12,000 و14,000 من البرغرز أقسموا هذا اليمين بين مارس ويونيو عام 1900.
يعتقد المراقبون البريطانيون أن الحرب قد انتهت بعد الاستيلاء على العاصمتين. ومع ذلك، التقى البوير في وقت سابق في العاصمة الجديدة المؤقتة لولاية أورانج الحرة، كرونستاد، وخططوا لحملة حرب عصابات لضرب خطوط الإمداد والاتصالات البريطانية. كان الاشتباك الأول لهذا الشكل الجديد من الحرب في مركز سانا في 31 مارس حيث هاجم 1,500 من البوير تحت قيادة كريستيان دي ويت محطات المياه في بلومفونتين على بعد حوالي 37 كيلومترًا (23 ميلًا) شرق المدينة، ونصب كمينًا لقافلة مرافقة بشدة، مما تسبب في 155 قتيلًا بريطانيًا والاستيلاء على سبع بنادق و 117 عربة و428 جنديًا بريطانيًا.