على الرغم من هذه الادعاءات الإمبراطورية، كان حكم فريدريك نقطة تحول رئيسية نحو تفكك الحكم المركزي في الإمبراطورية. بينما ركز على إقامة دولة مركزية حديثة في صقلية، كان غائبًا في الغالب عن ألمانيا وأصدر امتيازات بعيدة المدى لأمراء ألمانيا العلمانيين والكنسيين، في مرسوم 1220 "معاهدة مع أمراء الكنيسة"، تخلى فريدريك عن عدد من الشعارات الملكية لصالح الأساقفة، ومن بينهم تسعيرة العملات، صك العملة والحصون.
البابا إنوسنت الثالث، الذي كان يخشى التهديد الذي يشكله اتحاد الإمبراطورية وصقلية، كان مدعومًا الآن من قبل فريدريك الثاني، الذي تقدم إلى ألمانيا و هزم أوتو. بعد فوزه، لم يتصرف فريدريك بوعده بالحفاظ على انفصال العالمين. على الرغم من أنه جعل ابنه هنري ملكًا على صقلية قبل أن يسير إلى ألمانيا، إلا أنه ظل يحتفظ لنفسه بالسلطة السياسية الحقيقية. استمر هذا بعد تتويج فريدريك إمبراطورًا في عام 1220. خوفًا من تركيز فريدريك للسلطة، حرم البابا الإمبراطور كنسياً في النهاية. كانت نقطة الخلاف الأخرى هي الحملة الصليبية، التي وعد بها فريدريك لكنها أرجأت مرارًا وتكرارًا.