مع فقدان العديد من المدافعين عنه في روما بسبب الحوار بشأن النظامين العالميين الرئيسيين، أُمر غاليليو في عام 1633 بمحاكمته للاشتباه في بدع "لأنه اعتبر العقيدة الخاطئة التي يعلّمها البعض أن الشمس مركز العالم "ضد إدانة عام 1616، حيث" تقرر في المجمع المقدس [...] في 25 فبراير عام 1616 أن [...] المكتب المقدس سوف يعطيك أمرًا قضائيًا بالتخلي عن هذه العقيدة، وليس تعليمها على الآخرين عدم الدفاع عنها وعدم التعامل معها؛ وأنك إذا لم توافق على هذا الأمر، فيجب سجنك ".
أُدين جاليليو، وكان حكم محاكم التفتيش، الصادر في 22 يونيو عام 1633، في ثلاثة أجزاء أساسية: تم العثور على جاليليو "يشتبه بشدة في بدعة"، أي أنه اعتنق آراء مفادها أن الشمس تقع بلا حراك في مركز الكون، وأن الأرض ليست في مركزها وتتحرك، ويمكن للمرء أن يؤمن برأي ويدافع عنه باعتباره محتملاً بعد إعلان مخالفته للكتاب المقدس. وكان مطلوباً منه أن "ينكر ويلعن ويكره" تلك الآراء. حُكم عليه بالسجن الرسمي بناءً على رغبة محاكم التفتيش. في اليوم التالي تم تخفيف ذلك إلى الإقامة الجبرية، التي بقي تحت الإقامة لبقية حياته. تم حظر حواره المخالف. وفي إجراء لم يُعلن عنه أثناء المحاكمة، مُنع نشر أي من أعماله، بما في ذلك أي أعمال قد يكتبها في المستقبل.