في أعقاب الهجمات، حاول عشرات الآلاف من الأشخاص الفرار من أفغانستان بسبب احتمال انتقام عسكري من قبل الولايات المتحدة. وأغلقت باكستان، التي كانت بالفعل موطنًا للعديد من اللاجئين الأفغان من الصراعات السابقة، حدودها مع أفغانستان في 17 سبتمبر 2001.
في أعقاب هجمات 11 سبتمبر، تم إغلاق بورصة نيويورك لأربع جلسات تداول، استؤنفت يوم الاثنين، 17 سبتمبر، وهي واحدة من المرات النادرة التي تم فيها إغلاق بورصة نيويورك لأكثر من جلسة واحدة والمرة الثالثة فقط منذ مارس 1933.
بعد الهجمات بوقت قصير، ظهر الرئيس بوش علنًا في أكبر مركز إسلامي في واشنطن العاصمة وأقر "بالمساهمة القيمة بشكل لا يصدق" التي قدمها ملايين المسلمين الأمريكيين لبلدهم ودعاهم إلى "معاملتهم باحترام".