في عام 1804، غير فولتون ولاءه وانتقل إلى بريطانيا، حيث كلفه رئيس الوزراء ويليام بيت الأصغر ببناء مجموعة من الأسلحة لاستخدامها من قبل البحرية الملكية أثناء مخاوف غزو نابليون. كان من بين اختراعاته أول "طوربيدات" بحرية حديثة في العالم (الألغام الحديثة). تم اختبارها، إلى جانب العديد من اختراعاته الأخرى، خلال غارة 1804 على بولوني، لكنها لاقت نجاحًا محدودًا. رغم استمرار فلتون بتطوير اختراعاته مع البريطانيين حتى عام 1806، خفف النصر البحري الساحق الذي قاده الأدميرال هوراتيو نيلسون في معركة ترافالغار عام 1805 من مخاطر الغزو الفرنسي. جرى تجاهل فلتون بشكل متزايد.
أرسل نابليون رحلة استكشافية تحت قيادة صهره الجنرال لوكلير لإعادة تأكيد السيطرة على سان دومينج. على الرغم من أن الفرنسيين تمكنوا من الاستيلاء على توسان لوفرتور، إلا أن الحملة فشلت عندما شلت معدلات المرض المرتفعة الجيش الفرنسي، وفاز "جان جاك ديسالين" بسلسلة من الانتصارات، أولاً ضد لوكلير، وعندما مات من الحمى الصفراء، ثم ضد "دوناتيان ماري" - "جوزيف دي فييمور"، نائب دي روشامبو، الذي أرسله نابليون لإراحة لوكلير مع 20 ألف رجل آخرين. في مايو 1803، اعترف نابليون بالهزيمة، وغادر آخر 8,000 جندي فرنسي الجزيرة وأعلن العبيد جمهورية مستقلة أطلقوا عليها اسم هايتي في عام 1804.