وشك وصول الحرب إلى فيينا نفسها في أوائل عام 1809. وفي أبريل، كان بيتهوفن قد أكمل كتابة كونشرتو البيانو رقم 5 في "رقم التأليف 73" E flat major "نغمة خفيضة" ،Op. 73، والتي وصفها عالم الموسيقى ألفريد أينشتاين بأنها "تأليه المفهوم العسكري" في موسيقى بيتهوفن. غادر الأرشيدوق رودولف العاصمة مع العائلة الإمبراطورية في أوائل شهر مايو، مما دفع بيتهوفن إلى سوناتا البيانو "ليه أديو" (سوناتا No. 26, Op. 81a) ، التي أطلق عليها بيتهوفن في الواقع "داس ليبوول" ("الوداع")، والتي تم تأريخ الحركة الأخيرة فيها، "داس فيدرشين" ("العودة")، في المخطوطة بتاريخ عودة رودولف إلى الوطن في 30 يناير عام 1810.
بعد أربع سنوات على الهامش، سعت النمسا إلى حرب أخرى مع فرنسا للانتقام من هزائمها الأخيرة. لم تستطع النمسا الاعتماد على الدعم الروسي لأن الأخيرة كانت في حالة حرب مع بريطانيا والسويد والإمبراطورية العثمانية في عام 1809. على الرغم من أن الأرشيدوق تشارلز حذر من أن النمساويين لم يكونوا مستعدين لمواجهة أخرى مع نابليون، وهو الموقف الذي دفعه إلى: يُدعى "حزب السلام"، ولم يكن يريد أن يرى الجيش يتم تسريحه أيضًا. في 8 فبراير 1809، نجح المدافعون عن الحرب أخيرًا عندما قررت الحكومة الإمبراطورية سرا مواجهة أخرى ضد الفرنسيين.
سينتهي الأمر بنابليون بمغادرة أيبيريا من أجل التعامل مع النمساويين في أوروبا الوسطى، لكن حرب شبه الجزيرة استمرت لفترة طويلة بعد غيابه. لم يعد إلى إسبانيا بعد حملة 1808. بعد عدة أشهر من كورونا، أرسل البريطانيون جيشًا آخر إلى شبه الجزيرة تحت قيادة دوق ويلينجتون في المستقبل. ثم استقرت الحرب في مأزق استراتيجي معقد وغير متكافئ حيث كافحت جميع الأطراف من أجل السيطرة. كان أبرز ما في الصراع هو حرب العصابات الوحشية التي اجتاحت الكثير من الريف الإسباني. ارتكب الجانبان أسوأ الفظائع في الحروب النابليونية خلال هذه المرحلة من الصراع.
كان أول وأشمل عملية تنظيف مسجلة للوحة الموناليزا وتجديدها ولمساتها هي عملية غسيل وتجديد في عام 1809 قام بها "جان ماري هوغستويل"، الذي كان مسؤولاً عن ترميم اللوحات لصالات العرض في متحف نابليون. اشتمل العمل على التنظيف بالأرواح، ولمسات الألوان، وإحياء اللوحة.
وصل نابليون إلى دوناوورث في 17 أبريل ليجد الجيش الكبير في موقع خطير، حيث يفصل جناحيه مسافة 120 كم (75 ميل) وانضموا معًا بواسطة طوق رفيع من القوات البافارية. ضغط تشارلز على الجناح الأيسر للجيش الفرنسي وألقى برجاله نحو الفيلق الثالث للمارشال دافوت. رداً على ذلك، توصل نابليون إلى خطة لعزل النمساويين في مناورة لاندشوت الشهيرة.
بحلول 17 مايو، وصل الجيش النمساوي الرئيسي بقيادة تشارلز إلى مارشفيلد. أبقى تشارلز الجزء الأكبر من قواته على بعد عدة كيلومترات من ضفة النهر على أمل تركيزهم في النقطة التي قرر نابليون العبور فيها.
في 21 مايو، بذل الفرنسيون أول جهد كبير لهم لعبور نهر الدانوب، مما عجل بمعركة أسبرن إسلنغ. تمتع النمساويون بتفوق عددي مريح على الفرنسيين طوال المعركة. في اليوم الأول، تخلص تشارلز من 110,000 جندي مقابل 31,000 فقط بقيادة نابليون. بحلول اليوم الثاني، زادت التعزيزات من أعداد الفرنسيين إلى 70,000. كانت هذه هي الهزيمة الأولى التي عانى منها نابليون في معركة كبيرة من الضربات الثابتة، وأثارت الإثارة في أنحاء كثيرة من أوروبا لأنها أثبتت أنه يمكن هزيمته في ساحة المعركة.