تم تنظيم الإبادة الجماعية من قبل أعضاء النخبة السياسية الأساسية من الهوتو، وشغل العديد منهم مناصب على أعلى المستويات في الحكومة الوطنية. يتفق معظم المؤرخين على أن الإبادة الجماعية ضد التوتسي قد تم التخطيط لها لمدة عام على الأقل. ومع ذلك، أدى اغتيال الرئيس الرواندي جوفينال هابياريمانا في 6 أبريل 1994 إلى فراغ في السلطة وأنهى اتفاقات السلام. بدأت أعمال القتل الجماعي في اليوم التالي عندما قام الجنود والشرطة والميليشيات بإعدام زعماء سياسيين وعسكريين من قبيلة التوتسي ومعتدلين من الهوتو.
بعد وفاة هابياريمانا، في مساء يوم 6 أبريل، تم تشكيل لجنة للأزمة. وتألفت من اللواء أوغستين ندينديلييمانا، والعقيد تيونيست باغوسورا، وعدد من كبار ضباط الأركان الآخرين. وترأس باغوسورا اللجنة، على الرغم من وجود ندينديلييمانا الأعلى رتبة. كانت رئيسة الوزراء أجاث أولينجييمانا هي التالية من الناحية القانونية في خط الخلافة السياسية، لكن اللجنة رفضت الاعتراف بسلطتها. التقى روميو دالير باللجنة في تلك الليلة وأصر على تكليف أولينجييمانا بالمسؤولية، لكن باغوسورا رفض، قائلاً إن أولينجييمانا "لا تتمتع بثقة الشعب الرواندي" وإنها "غير قادرة على حكم الأمة". كما بررت اللجنة وجودها بأنه ضروري لتجنب عدم اليقين بعد وفاة الرئيس. سعى باغوسورا لإقناع بعثة الأمم المتحدة لتقديم المساعدة إلى رواندا والجبهة الوطنية الرواندية بأن اللجنة تعمل على احتواء الحرس الرئاسي، الذي وصفه بأنه "خارج عن السيطرة"، وأنه سيلتزم باتفاق أروشا.