مذبحة الأقصر

وأثناء وجوده هناك علم الظواهري عن تنظيم "مبادرة اللاعنف" في مصر لإنهاء حملة الإرهاب التي قتلت المئات وأسفرت عن حملة قمع حكومية أدت إلى سجن الآلاف. وقد عارض الظواهري بغضب هذا "الاستسلام" في رسائل لصحيفة الشرق الأوسط اللندنية. جنبا إلى جنب مع أعضاء الجماعة الإسلامية ، ساعد في تنظيم هجوم واسع النطاق على السياح في معبد حتشبسوت لتخريب المبادرة من خلال استفزاز الحكومة للقمع. نجح هجوم ستة رجال يرتدون زي الشرطة في إطلاق نيران الرشاشات والقرصنة حتى الموت على 58 سائحا أجنبيا وأربعة مصريين.