تم تعيين جونسون كـ حاكمًا عسكريًا

ثم بعد أن غادرت عدة ولايات الاتحاد، بما في ذلك ولايته، اختار البقاء في واشنطن (بدلاً من الاستقالة من مقعده في مجلس الشيوخ الأمريكي)، وبعد ذلك، عندما احتلت قوات الاتحاد تينيسي، تم تعيين جونسون حاكمًا عسكريًا. وأثناء وجوده في هذا المنصب، مارس سلطاته بقوة، وكثيراً ما قال إن "الخيانة يجب أن تكون بغيضة ومعاقبة الخونة".