عندما عاد الغزاة إلى بيرو في عام 1532، أدت حرب الخلافة بين أبناء سابا إنكا هواينا كاباك، وهواسكار، وأتاهوالبا، والاضطرابات بين المناطق التي تم احتلالها حديثًا إلى إضعاف الإمبراطورية.
ربما كان الأهم من ذلك هو انتشار الجدري والإنفلونزا والتيفوس والحصبة من أمريكا الوسطى.
