أطلق مارتن لوثر ما عُرف لاحقًا باسم الإصلاح

بالإضافة إلى النزاعات بين ميراثه الأسباني والألماني، كانت النزاعات الدينية مصدرًا آخر للتوتر في عهد تشارلز الخامس قبل أن يبدأ حكم تشارلز في الإمبراطورية الرومانية المقدسة، في عام 1517، أطلق مارتن لوثر ما سيعرف لاحقًا باسم (حركة الاصلاح). في هذا الوقت، رأى العديد من الدوقات المحليين في ذلك فرصة لمعارضة هيمنة الإمبراطور تشارلز الخامس. ثم انقسمت الإمبراطورية بشكل قاتل على أسس دينية، مع الشمال والشرق والعديد من المدن الكبرى - ستراسبورغ وفرانكفورت و نورمبرغ - أصبحت بروتستانتية بينما ظلت المناطق الجنوبية والغربية إلى حد كبير كاثوليكية.