لم تكن الحكومة قادرة على الاستفادة من نقاط ضعف المتمردين بسبب انقساماتهم وعدم استقرارهم. سرعان ما تم استبدال أول حكومة مستقلة في السودان بقيادة رئيس الوزراء إسماعيل الأزهري بتحالف متعثر من مختلف القوى المحافظة ، والذي أطيح بدوره في انقلاب رئيس الأركان الفريق إبراهيم عبود في 1958.