كان بايدن مؤيدًا قويًا لحرب 2001 في أفغانستان ، قائلاً: "مهما كلف الأمر، يجب أن نفعله". كرئيس للجنة العلاقات الخارجية في مجلس الشيوخ ، قال بايدن في عام 2002 إن صدام حسين كان يشكل تهديدا للأمن القومي ولم يكن هناك خيار سوى "القضاء" على هذا التهديد.
