بدأ هوفا يقضي عقوبته الإجمالية بالسجن لمدة 13 عامًا (ثماني سنوات للرشوة، وخمس سنوات للاحتيال) في مارس 1967 في سجن لويسبورغ الفيدرالي في ولاية بنسلفانيا.