تدهورت صحة الخميني قبل عدة سنوات من وفاته. بعد أن أمضى أحد عشر يومًا في مستشفى جماران، توفي روح الله الخميني في 3 يونيو 1989 بعد إصابته بخمس نوبات قلبية في عشرة أيام فقط، عن عمر يناهز 86 عامًا قبل منتصف الليل بقليل.