كان توتي معرضًا لخطر الغياب عن كأس العالم لعام 2006 ، لكنه عاد إلى الفريق في 11 مايو عام 2006 كبديل في المباراة النهائية لكأس إيطاليا ليفوز بنتيجة 3-1 أمام الإنتر.
