كانت مذبحة الأقصر لا تحظى بشعبية لدرجة أنه لم تحدث أي هجمات إرهابية في مصر لعدة سنوات بعد ذلك. وحكمت محكمة عسكرية مصرية على الظواهري بالإعدام غيابيا عام 1999.
