اغتيل أيبك في 10 أبريل 1257، ربما بأمر من شجر الدر، الذي اغتيل بعد أسبوع. ترك موتهم فراغًا نسبيًا في السلطة في مصر، مع ابن أيبك المراهق، المنصور علي، وريث السلطنة.