أسفرت حرب التحالف الثاني عن هزيمة الإمبراطورية والقوات المتحالفة على يد نابليون بونابرت. أدت معاهدات لونيفيل (1801) و تحويل إعلامي لعام 1803 إلى علمنة الإمارات الكنسية وألغت معظم المدن الإمبراطورية الحرة وتم استيعاب هذه الأراضي مع سكانها من قبل الإمبراطوريات الحاكمة.