بعد الحرب العالمية الأولى، تم اتخاذ الترتيبات له ليدرس في المعهد الإسلامي في أصفهان، لكنه انجذب إلى المعهد الإسلامي في أراك. وقد كان تحت قيادة آية الله عبد الكريم الحائري اليزدي. في عام 1920، انتقل الخميني إلى أراك وبدأ دراسته.