تميزت المرحلة التالية من الحملة بالغزو الفرنسي لمناطق هابسبورغ. هُزمت القوات الفرنسية في جنوب ألمانيا على يد الأرشيدوق تشارلز في عام 1796، لكن الأرشيدوق سحب قواته لحماية فيينا بعد أن علم بهجوم نابليون.
