Dne 4. listopadu 1849, když Blackwell ošetřovala kojence s novorozeneckou oftalmií, jí náhodou vystříkl kontaminovaný roztok do oka a ona se nakazila. Přišla o zrak na levém oku, což vedlo k chirurgickému odstranění oka, a tím ztratila veškerou naději stát se chirurgem.
