Ο Τζόνσον διορίστηκε στρατιωτικός κυβερνήτης

Στη συνέχεια, αφού αρκετές πολιτείες εγκατέλειψαν την Ένωση, συμπεριλαμβανομένης της δικής του, επέλεξε να παραμείνει στην Ουάσινγκτον (αντί να παραιτηθεί από τη θέση του στη Γερουσία των ΗΠΑ), και αργότερα, όταν τα στρατεύματα της Ένωσης κατέλαβαν το Τενεσί, ο Τζόνσον διορίστηκε στρατιωτικός κυβερνήτης. Κατά τη διάρκεια της θητείας του σε αυτή τη θέση, άσκησε τις εξουσίες του με σθένος, δηλώνοντας συχνά ότι "η προδοσία πρέπει να γίνει απεχθής και οι προδότες να τιμωρηθούν".

Ενδέχεται να περιέχει σφάλματα.