Lincoln reemplazó al Secretario de Guerra Simon Cameron con Edwin Stanton
Lincoln supervisaba minuciosamente los informes telegráficos que llegaban al Departamento de Guerra. Seguía todas las fases del esfuerzo, consultando con los gobernadores y seleccionando a los generales en función de su éxito, su estado y su partido. En enero de 1862, tras las quejas por ineficiencia y especulación en el Departamento de Guerra, Lincoln sustituyó al Secretario de Guerra Simon Cameron por Edwin Stanton. Stanton centralizó las actividades del Departamento de Guerra, auditando y cancelando contratos, lo que ahorró al gobierno federal 17.000.000 de dólares.
