Sacro Imperio Romano Germánico
Federico II, emperador del Sacro Imperio Romano Germánico
El papa Inocencio III, que temía la amenaza planteada por una unión del Imperio y Sicilia, contaba ahora con el apoyo de Federico II, quien marchó hacia Alemania y derrotó a Otón. Tras su victoria, Federico no cumplió su promesa de mantener separados ambos reinos. Aunque había nombrado rey de Sicilia a su hijo Enrique antes de marchar a Alemania, siguió reservándose el poder político real. Esta situación continuó después de que Federico fuera coronado emperador en 1220. Temiendo la concentración de poder de Federico, el papa terminó excomulgándolo. Otro motivo de conflicto fue la cruzada, que Federico había prometido, pero había aplazado repetidamente.