Martín Lutero lanzó lo que más tarde se conocería como la Reforma

Además de los conflictos entre sus herencias española y alemana, los conflictos religiosos serían otra fuente de tensión durante el reinado de Carlos V. Antes de que comenzara el reinado de Carlos en el Sacro Imperio Romano Germánico, en 1517, Martín Lutero lanzó lo que más tarde se conocería como la Reforma. En ese momento, muchos duques locales lo vieron como una oportunidad para oponerse a la hegemonía del emperador Carlos V. El imperio quedó entonces fatalmente dividido por líneas religiosas, con el norte, el este y muchas de las principales ciudades (Estrasburgo, Fráncfort y Núremberg) volviéndose protestantes, mientras que las regiones del sur y del oeste permanecieron en gran medida católicas.

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