با وجود ادعاهای امپراتوری، حکومت فردریک نقطه عطفی بزرگ به سوی فروپاشی حکومت مرکزی در امپراتوری بود. در حالی که او بر ایجاد یک دولت مدرن و متمرکز در سیسیل متمرکز بود، بیشتر در آلمان حضور نداشت و امتیازات گستردهای به شاهزادگان سکولار و کلیسایی آلمان اعطا کرد: در «کنفدراسیون با شاهزادگان کلیسایی» سال ۱۲۲۰، فردریک تعدادی از حقوق سلطنتی (رگالیا) را به نفع اسقفها واگذار کرد که از آن جمله میتوان به تعرفهها، ضرب سکه و استحکامات اشاره کرد.
پاپ اینوسنت سوم، که از تهدید ناشی از اتحاد امپراتوری و سیسیل میترسید، اکنون توسط فردریک دوم حمایت میشد که به آلمان لشکر کشید و اتو را شکست داد. پس از پیروزی، فردریک به وعده خود مبنی بر جدا نگه داشتن این دو قلمرو عمل نکرد. اگرچه او قبل از لشکرکشی به آلمان، پسرش هنری را پادشاه سیسیل کرده بود، اما همچنان قدرت سیاسی واقعی را برای خود محفوظ داشت. این وضعیت پس از تاجگذاری فردریک به عنوان امپراتور در سال ۱۲۲۰ ادامه یافت. پاپ که از تمرکز قدرت فردریک میترسید، سرانجام امپراتور را تکفیر کرد. نکته دیگر مورد اختلاف، جنگ صلیبی بود که فردریک وعده داده بود اما بارها آن را به تعویق انداخت.
با وجود ادعاهای امپراتوری، حکومت فردریک نقطه عطفی بزرگ به سوی فروپاشی حکومت مرکزی در امپراتوری بود. در حالی که او بر ایجاد یک دولت مدرن و متمرکز در سیسیل متمرکز بود، بیشتر در آلمان حضور نداشت و امتیازات گستردهای به شاهزادگان سکولار و کلیسایی آلمان اعطا کرد: در «کنفدراسیون با شاهزادگان کلیسایی» سال ۱۲۲۰، فردریک تعدادی از حقوق سلطنتی (رگالیا) را به نفع اسقفها واگذار کرد که از آن جمله میتوان به تعرفهها، ضرب سکه و استحکامات اشاره کرد.
پاپ اینوسنت سوم، که از تهدید ناشی از اتحاد امپراتوری و سیسیل میترسید، اکنون توسط فردریک دوم حمایت میشد که به آلمان لشکر کشید و اتو را شکست داد. پس از پیروزی، فردریک به وعده خود مبنی بر جدا نگه داشتن این دو قلمرو عمل نکرد. اگرچه او قبل از لشکرکشی به آلمان، پسرش هنری را پادشاه سیسیل کرده بود، اما همچنان قدرت سیاسی واقعی را برای خود محفوظ داشت. این وضعیت پس از تاجگذاری فردریک به عنوان امپراتور در سال ۱۲۲۰ ادامه یافت. پاپ که از تمرکز قدرت فردریک میترسید، سرانجام امپراتور را تکفیر کرد. نکته دیگر مورد اختلاف، جنگ صلیبی بود که فردریک وعده داده بود اما بارها آن را به تعویق انداخت.
