Frédéric II, Saint-Empereur romain germanique
Le pape Innocent III, qui craignait la menace posée par une union de l'empire et de la Sicile, a été soutenu par Frédéric II, qui a marché sur l'Allemagne et a vaincu Othon. Après sa victoire, Frédéric n'a pas tenu sa promesse de maintenir les deux royaumes séparés. Bien qu'il ait fait de son fils Henri le roi de Sicile avant de marcher sur l'Allemagne, il a conservé le véritable pouvoir politique pour lui-même. Cela a continué après le couronnement de Frédéric en tant qu'empereur en 1220. Craignant la concentration du pouvoir de Frédéric, le pape a finalement excommunié l'empereur. Un autre point de discorde était la croisade, que Frédéric avait promise mais qu'il avait reportée à plusieurs reprises.
