Martin Luther lance ce qui sera plus tard connu sous le nom de Réforme

En plus des conflits entre ses héritages espagnol et allemand, les conflits religieux allaient être une autre source de tension sous le règne de Charles Quint. Avant que le règne de Charles sur le Saint-Empire romain germanique ne commence, en 1517, Martin Luther lança ce qui serait plus tard connu sous le nom de Réforme. À cette époque, de nombreux ducs locaux y virent une chance de s'opposer à l'hégémonie de l'empereur Charles Quint. L'empire fut alors fatalement divisé selon des lignes religieuses, le nord, l'est et bon nombre des grandes villes – Strasbourg, Francfort et Nuremberg – devenant protestants tandis que les régions du sud et de l'ouest restaient largement catholiques.

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