מנהל ה-CIA ג'ון א. מקון היה חשדן. הוא סבר ששליחת טילים נגד מטוסים לקובה "הגיונית רק אם מוסקבה מתכוונת להשתמש בהם כדי להגן על בסיס לטילים בליסטיים המכוונים לעבר ארצות הברית". ב-10 באוגוסט הוא כתב מזכר לקנדי שבו העריך כי הסובייטים נערכים להכניס טילים בליסטיים לקובה.
