פער הטילים
קנדי התמודד לנשיאות ב-1960, ואחד מנושאי הבחירות המרכזיים שלו היה "פער טילים" כביכול מול הסובייטים.

יום שלישי אוק׳ ד, י עד יום שני אוק׳ ד, י
Cuba
משבר הטילים בקובה, הידוע גם כמשבר אוקטובר 1962, המשבר הקריבי או בהלת הטילים, היה עימות בן 35 ימים בין ארצות הברית לבין ברית המועצות, אשר הסלים לכדי משבר בינלאומי כאשר פריסת טילים אמריקאיים באיטליה ובטורקיה נענתה בפריסה סובייטית של טילים בליסטיים דומים בקובה.
קנדי התמודד לנשיאות ב-1960, ואחד מנושאי הבחירות המרכזיים שלו היה "פער טילים" כביכול מול הסובייטים.
בשנת 1961, אמריקה גילתה שלסובייטים היו רק ארבעה טילים בליסטיים בין-יבשתיים (ICBM) מסוג R-7 סמיורקה.
ברית המועצות הציבה אולטימטום בדרישה לנסיגת כל הכוחות המזוינים מברלין, כולל הכוחות המזוינים המערביים במערב ברלין. המשבר הגיע לשיאו בחלוקתה דה-פקטו של העיר עם הקמת חומת ברלין על ידי מזרח גרמניה.
בסוף שנת 1961, ביקש פידל קסטרו עוד טילי נ"מ מסוג SA-2 מברית המועצות. ההנהגה הסובייטית לא פעלה בהתאם לבקשה זו.
בתחילת 1962, קבוצה של מומחי צבא וטילים סובייטים התלוותה למשלחת חקלאית להוואנה.
בינואר 1962, גנרל צבא ארה"ב אדוארד לנסדייל תיאר תוכניות להפלת ממשלת קובה בדוח סודי ביותר (שסווג בחלקו ב-1989), שהופנה לקנדי ולפקידים המעורבים במבצע נמייה.
טימותי נפטלי טען כי פיטוריו של אסקלנטה היו גורם מניע מאחורי ההחלטה הסובייטית להציב טילים גרעיניים בקובה ב-1962.
בפברואר 1962 הטילה ארה"ב אמברגו על קובה, ולנסדייל הציג לוח זמנים סודי ביותר בן 26 עמודים ליישום הפלת ממשלת קובה.
במאי 1962, המזכיר הראשון של ברית המועצות ניקיטה חרושצ'וב שוכנע מהרעיון להתמודד עם היתרון הגובר של ארה"ב בפיתוח ופריסה של טילים אסטרטגיים על ידי הצבת טילים גרעיניים סובייטיים לטווח ביניים בקובה.
עד מאי, חרושצ'וב וקסטרו הסכימו להציב טילים גרעיניים אסטרטגיים בחשאי בקובה.
מומחים לבניית טילים במסווה של "מפעילי מכונות", "מומחי השקיה" ו"מומחים חקלאיים" הגיעו ביולי.
מנהל ה-CIA ג'ון א. מקון היה חשדן. הוא סבר ששליחת טילים נגד מטוסים לקובה "הגיונית רק אם מוסקבה מתכוונת להשתמש בהם כדי להגן על בסיס לטילים בליסטיים המכוונים לעבר ארצות הברית". ב-10 באוגוסט הוא כתב מזכר לקנדי שבו העריך כי הסובייטים נערכים להכניס טילים בליסטיים לקובה.
הסוגיה הראשונה שהובילה להפסקה בטיסות הסיור התרחשה ב-30 באוגוסט, כאשר מטוס U-2 שהופעל על ידי הפיקוד האסטרטגי של חיל האוויר האמריקאי טס בטעות מעל האי סחלין שבמזרח הרחוק הסובייטי.
ב-31 באוגוסט הזהיר הסנאטור קנת קיטינג (רפובליקני מניו יורק) מעל בימת הסנאט כי ברית המועצות "בסבירות גבוהה" בונה בסיס טילים בקובה. הוא האשים את ממשל קנדי בטיוח איום משמעותי על ארה"ב, ובכך הצית את המשבר.
בספטמבר 1962 הבחינו אנליסטים מסוכנות הביון של משרד ההגנה (DIA) כי אתרי טילי קרקע-אוויר קובניים ערוכים בתבנית הדומה לזו ששימשה את ברית המועצות להגנה על בסיסי הטילים הבין-יבשתיים שלה, מה שהוביל את ה-DIA ללחוץ לחידוש טיסות ה-U-2 מעל האי.
המשלוח הראשון של טילי R-12 סובייטיים הגיע בליל ה-8 בספטמבר, ואחריו משלוח שני ב-16 בספטמבר. ה-R-12 היה טיל בליסטי לטווח בינוני, המסוגל לשאת ראש נפץ תרמו-גרעיני.
ב-15 באוקטובר, המרכז הלאומי לפענוח תצלומים (NPIC) של ה-CIA בחן את תצלומי ה-U-2 וזיהה עצמים שפורשו כטילים בליסטיים לטווח בינוני.
ב-17 באוקטובר, פקיד השגרירות הסובייטית גאורגי בולשאקוב הביא לנשיא קנדי הודעה אישית מחרושצ'וב שהרגיעה אותו כי "בשום נסיבות לא יישלחו טילים קרקע-קרקע לקובה."
ב-19 באוקטובר, ה-EXCOMM הקים קבוצות עבודה נפרדות כדי לבחון את אפשרויות התקיפה האווירית והמצור, ועד אחר הצהריים רוב התמיכה ב-EXCOMM עברה לאפשרות המצור.
קנדי נפגש עם חברי ה-EXCOMM ויועצים בכירים נוספים לאורך ה-21 באוקטובר, ושקל שתי אפשרויות שנותרו: תקיפה אווירית בעיקר נגד בסיסי הטילים בקובה או מצור ימי על קובה.
ב-22 באוקטובר בשעה 19:00 שעון החוף המזרחי, נשא קנדי נאום בשידור טלוויזיוני ארצי בכל הרשתות הגדולות שבו הכריז על גילוי הטילים.
בשעה 22:00 שעון קיץ מזרחי (EDT), העלתה ארצות הברית את רמת הכוננות של כוחות ה-SAC ל-DEFCON 2. בפעם היחידה בהיסטוריה של ארצות הברית שאושרה, מפציצי B-52 הועברו לכוננות אווירית רציפה, ומפציצים בינוניים מסוג B-47 פוזרו לשדות תעופה צבאיים ואזרחיים שונים והועמדו במוכנות להמראה, מצוידים במלואם, בהתראה של 15 דקות.
ביום שבת, ה-27 באוקטובר, לאחר התלבטויות רבות בין ברית המועצות לבין הקבינט של קנדי, הסכים קנדי בחשאי להסיר את כל הטילים שהוצבו בטורקיה ואולי גם בדרום איטליה, הראשונים שבהם על גבול ברית המועצות, בתמורה לכך שחרושצ'וב יסיר את כל הטילים בקובה.
היכולת הגרעינית הסובייטית בשנת 1962 שמה דגש פחות על טילים בליסטיים בין-יבשתיים (ICBMs) ויותר על טילים בליסטיים לטווח בינוני וטווח ביניים (MRBMs ו-IRBMs).