בשלב זה נוצר קרע בין אמילי לאליזבת בלקוול. שתיהן היו עקשניות מאוד, ופרץ מאבק כוחות על ניהול המרפאה והמכללה לרפואה.
אליזבת, שחשה מנוכרת מעט מהתנועה הרפואית של הנשים בארצות הברית, עזבה לבריטניה כדי לנסות להקים שם השכלה רפואית לנשים. ביולי 1869 היא הפליגה לבריטניה.