פצצה השמידה בניין מגורים ששימש את משמר הגבול הרוסי
ב-16 בנובמבר 1996, בקספייסק (דאגסטן), פצצה השמידה בניין מגורים ששימש את משמר הגבול הרוסי, והרגה 68 בני אדם.

יום חמישי אוג׳ ד, י עד יום ראשון אפר׳ ד, י
Chechnya, Russia
מלחמת צ'צ'ניה השנייה, הידועה גם בשם המערכה הצ'צ'נית השנייה או באופן רשמי כפעולות ללוחמה בטרור בשטחי אזור צפון הקווקז, הייתה סכסוך מזוין בשטחי צ'צ'ניה ובאזורי הגבול של צפון הקווקז בין הפדרציה הרוסית לבין הרפובליקה הצ'צ'נית של איצ'קריה, וכן עם חמושים מקבוצות איסלאמיסטיות שונות, שהתנהל מאוגוסט 1999 עד אפריל 2009.
ב-16 בנובמבר 1996, בקספייסק (דאגסטן), פצצה השמידה בניין מגורים ששימש את משמר הגבול הרוסי, והרגה 68 בני אדם.
שלושה בני אדם נהרגו ב-23 באפריל 1997, כאשר פצצה התפוצצה בתחנת הרכבת הרוסית בארמאביר (מחוז קרסנודאר).
שניים נהרגו ב-28 במאי 1997, כאשר פצצה נוספת התפוצצה בתחנת הרכבת הרוסית בפיאטיגורסק (מחוז סטברופול).
ב-22 בדצמבר 1997, כוחות של חמושים דאגסטנים ומנהיג המלחמה הערבי אבן אל-ח'טאב מצ'צ'ניה פשטו על בסיס חטיבת הרובאים הממונעת ה-136 של הצבא הרוסי בבוינאקסק, דאגסטן, וגרמו לאבדות כבדות בנפש ובציוד של היחידה.
במרץ 1999, גנרל גנאדי שפיגון, שליח הקרמלין לצ'צ'ניה, נחטף בשדה התעופה בגרוזני ונמצא מת בסופו של דבר בשנת 2000 במהלך המלחמה.
ב-7 במרץ 1999, בתגובה לחטיפתו של גנרל שפיגון, קרא שר הפנים סרגיי סטפאשין לפלוש לצ'צ'ניה. עם זאת, תוכניתו של סטפאשין נדחתה על ידי ראש הממשלה, יבגני פרימקוב.
בסוף מאי 1999, הודיעה רוסיה כי היא סוגרת את הגבול בין רוסיה לצ'צ'ניה בניסיון להילחם בהתקפות ובפעילות פלילית; שומרי הגבול קיבלו הוראה לירות בחשודים במקום.
ב-18 ביוני 1999, שבעה אנשי צבא נהרגו כאשר הותקפו עמדות משמר הגבול הרוסי בדאגסטן.
ב-29 ביולי 1999, כוחות משרד הפנים הרוסי השמידו עמדת גבול צ'צ'נית וכבשו קטע של 800 מטרים מכביש אסטרטגי.
באוגוסט וספטמבר 1999, שאמיל באסייב (בשיתוף עם אבן אל-ח'טאב יליד סעודיה, מפקד המוג'אהדין) הוביל שני צבאות של עד 2,000 מוג'אהדין צ'צ'נים, דאגסטנים, ערבים ובינלאומיים וחמושים ווהאבים מצ'צ'ניה לרפובליקה השכנה דאגסטן.
בסוף אוגוסט וספטמבר 1999, פתחה רוסיה במערכה אווירית מסיבית מעל צ'צ'ניה, במטרה המוצהרת לחסל את החמושים שפלשו לדאגסטן בחודש הקודם.
ב-22 באוגוסט 1999, 10 שוטרים רוסים נהרגו מפיצוץ מוקש נגד טנקים בצפון אוסטיה.
ב-9 באוגוסט 1999, שישה אנשי צבא נחטפו בבירה האוסטית ולדיקווקז.
ב-9 באוגוסט 1999, לוחמים איסלאמיסטים מצ'צ'ניה הסתננו לאזור דאגסטן שברוסיה, הכריזו עליו כמדינה עצמאית וקראו לג'יהאד עד ש"כל הכופרים יגורשו".
ב-26 באוגוסט 1999, הודתה רוסיה בביצוע פשיטות הפצצה בצ'צ'ניה.
עד אמצע ספטמבר 1999, החמושים גורשו מהכפרים שכבשו ונדחקו חזרה לצ'צ'ניה. לפחות כמה מאות חמושים נהרגו בלחימה; הצד הפדרלי דיווח על 279 אנשי צבא הרוגים וכ-900 פצועים.
נכון ל-22 בספטמבר 1999, סגן שר הפנים איגור זובוב אמר כי כוחות רוסיים כיתרו את צ'צ'ניה והם מוכנים לכבוש מחדש את האזור, אך מתכנני הצבא המליצו להימנע מפלישה קרקעית בשל הסבירות לאבדות רוסיות כבדות.
הסכסוך הצ'צ'ני נכנס לשלב חדש ב-1 באוקטובר 1999, כאשר ראש הממשלה החדש של רוסיה, ולדימיר פוטין, הכריז על סמכותו של נשיא צ'צ'ניה אסלאן מסחאדוב והפרלמנט שלו כבלתי לגיטימיים.
ב-1 באוקטובר, כוחות רוסיים נכנסו לצ'צ'ניה.
ב-2 באוקטובר 1999, משרד המצבים לשעת חירום של רוסיה הודה כי 78,000 בני אדם נמלטו מהתקיפות האוויריות בצ'צ'ניה; רובם הגיעו לאינגושטיה, שם הגיעו בקצב של 5,000 עד 6,000 ביום.
הצבא הרוסי נע בקלות במרחבים הפתוחים של צפון צ'צ'ניה והגיע לנהר טרק ב-5 באוקטובר 1999.
ב-10 באוקטובר 1999, מסחאדוב הציג תוכנית שלום המציעה דיכוי של מנהיגי מלחמה מורדים; ההצעה נדחתה על ידי הצד הרוסי. הוא גם פנה לנאט"ו בבקשה לעזור לסיים את הלחימה בין כוחותיו לכוחות הרוסיים, ללא הועיל.
ב-12 באוקטובר 1999, חצו הכוחות הרוסיים את נהר הטרק והחלו בהתקדמות דו-זרועית לעבר עיר הבירה גרוזני שבדרום. בתקווה להימנע מהאבדות הכבדות שפקדו את מלחמת צ'צ'ניה הראשונה, התקדמו הרוסים באיטיות ובכוח רב, תוך שימוש נרחב בארטילריה ובכוח אווירי בניסיון לרכך את ההגנות הצ'צ'ניות.
ב-15 באוקטובר 1999, השתלטו כוחות רוסיים על רכס אסטרטגי בטווח ארטילרי מעיר הבירה הצ'צ'נית גרוזני, לאחר שפתחו במתקפת טנקים וארטילריה עזה נגד הלוחמים הצ'צ'נים.
ב-21 באוקטובר 1999, פגיעת טיל בליסטי רוסי לטווח קצר מסוג סקאד בשוק המרכזי של גרוזני הרגה יותר מ-140 בני אדם, בהם נשים וילדים רבים, והותירה מאות פצועים נוספים. דובר רוסי מסר כי השוק ההומה הותקף מכיוון ששימש את הבדלנים כבזאר נשק.
ב-12 בנובמבר 1999, הונף הדגל הרוסי מעל העיר השנייה בגודלה בצ'צ'ניה, גודרמס, כאשר המפקדים הצ'צ'נים המקומיים, האחים יאמדייב, ערקו לצד הפדרלי; הרוסים נכנסו גם לכפר הקוזאקי ההרוס לשעבר אסינובסקאיה.
ב-17 בנובמבר 1999, חיילים רוסים סילקו בדלנים מבאמוט, מעוז הבדלנים הסמלי במלחמה הראשונה; דווח על עשרות לוחמים צ'צ'נים ואזרחים רבים שנהרגו, והכפר נמחה מעל פני האדמה בהפצצת FAE.
ב-26 בנובמבר 1999, אמר סגן הרמטכ"ל הרוסי ולרי מנילוב כי השלב השני של המערכה בצ'צ'ניה כמעט הושלם, וכי שלב שלישי ואחרון עומד להתחיל.
ב-1 בדצמבר 1999, לאחר שבועות של לחימה עזה, השתלטו כוחות רוסיים בפיקודו של אלוף-משנה ולדימיר שמאנוב על אלחן-יורט, כפר השוכן מדרום לגרוזני. הלוחמים הצ'צ'נים והזרים גרמו אבדות כבדות לכוחות הרוסיים, ועל פי הדיווחים הרגו יותר מ-70 חיילים רוסים לפני שנסוגו, תוך שהם סופגים אבדות כבדות בעצמם.
ב-4 בדצמבר 1999, טען מפקד הכוחות הרוסיים בצפון הקווקז, הגנרל ויקטור קזנצב, כי גרוזני נתונה במצור מלא על ידי כוחות רוסיים.
הבדלנים בעיירה אורוס-מרטן הציעו גם הם התנגדות עזה, תוך שימוש בטקטיקות גרילה שרוסיה ביקשה להימנע מהן; עד ה-9 בדצמבר 1999, כוחות רוסיים עדיין הפציצו את אורוס-מרטן, אף שמפקדים צ'צ'נים אמרו שלוחמיהם כבר נסוגו משם.
כוחות רוסיים החלו בכיבוש שני גשרים המקשרים את שאלי לבירה, ועד ה-11 בדצמבר 1999, כוחות רוסיים כיתרו את שאלי והחלו לדחוק לאט את הבדלנים החוצה.
ב-26 בינואר 2000, ממשלת רוסיה הודיעה כי 1,173 חיילים נהרגו בצ'צ'ניה מאז אוקטובר, יותר מפי שניים מ-544 ההרוגים שדווחו רק 19 ימים קודם לכן.
המתקפה הרוסית על גרוזני החלה בתחילת דצמבר, בליווי מאבק על יישובים שכנים. הקרב הסתיים כאשר הצבא הרוסי השתלט על העיר ב-2 בפברואר 2000.
ב-9 בפברואר 2000, טיל טקטי רוסי פגע בקהל אנשים שהגיע לבניין הממשל המקומי בשאלי, עיירה שהוכרזה בעבר כאחד מ"האזורים הבטוחים", כדי לאסוף את הפנסיות שלהם.
ב-18 בפברואר 2000, מסוק תובלה של הצבא הרוסי הופל בדרום, וגרם למותם של 15 אנשים שהיו על סיפונו, כך הודיע שר הפנים הרוסי ולדימיר רושאילו בהודאה נדירה מצד מוסקבה על אבדות במלחמה.
ב-29 בפברואר 2000, מפקד קבוצת הצבא המאוחדת גנאדי טרושב אמר כי "מבצע הלוחמה בטרור בצ'צ'ניה הסתיים. ייקח עוד כמה שבועות לאסוף את קבוצות המורדים שנותרו כעת".
במרץ, קבוצה גדולה של יותר מ-1,000 לוחמים צ'צ'נים, בהנהגת מפקד השטח רוסלן גלאייב, שנרדפו מאז נסיגתם מגרוזני, נכנסו לכפר קומסומולסקויה שלמרגלות הרי צ'צ'ניה והדפו מתקפה רוסית רחבת היקף על העיירה במשך למעלה משבועיים; הם ספגו מאות אבדות, בעוד הרוסים הודו בלמעלה מ-50 הרוגים.
ב-2 במרץ 2000, יחידת OMON מפודולסק פתחה באש על יחידה מסרגייב פוסאד בגרוזני; לפחות 24 אנשי צבא רוסים נהרגו בתקרית.
ב-29 במרץ 2000, כ-23 חיילים רוסים נהרגו במארב בדלני לשיירת OMON מפרם בז'אני-ודנו.
ב-23 באפריל 2000, שיירה של 22 כלי רכב שהובילה תחמושת ואספקה אחרת ליחידה מוטסת נקלעה למארב ליד סרז'ן-יורט בקניון ודנו על ידי כ-80 עד 100 "שודדים", על פי הגנרל טרושב.
נשיא רוסיה ולדימיר פוטין כונן שלטון ישיר בצ'צ'ניה במאי 2000. בחודש שלאחר מכן, מינה פוטין את אחמד קדירוב לראש הממשלה הזמני הפרו-מוסקבאי. התפתחות זו זכתה לאישור מוקדם בשאר חלקי רוסיה, אך המשך מותם של חיילים רוסים החליש את ההתלהבות הציבורית.
ב-8 באוקטובר 2001, מסוק של UNOMIG (משלחת המשקיפים של האו"ם בגאורגיה) הופל בגאורגיה בערוץ קודורי ליד אבחזיה, בעיצומו של קרב בין צ'צ'נים לאבחזים, ובתקרית נהרגו תשעה בני אדם, בהם חמישה משקיפי או"ם.
ב-23 במרץ 2003 עברה חוקה צ'צ'נית חדשה במשאל עם.
חוקת 2003 העניקה לרפובליקה הצ'צ'נית מידה משמעותית של אוטונומיה, אך עדיין קשרה אותה בחוזקה לרוסיה ולשלטון מוסקבה, והיא נכנסה לתוקף ב-2 באפריל 2003.
אחמד קדירוב חוסל בפיצוץ פצצה בשנת 2004.
שני הצדדים למלחמה ביצעו התנקשויות רבות. הבולטת שבהן כללה את רציחתו ב-13 בפברואר 2004 של נשיא צ'צ'ניה הבדלני לשעבר שחי בגלות, זלימחאן ינדרבייב, בקטר.
ב-2 במרץ 2004, בעקבות מספר פשיטות מעבר לגבול מגאורגיה לצ'צ'ניה, אינגושטיה ודאגסטן, נהרג גלאייב (רוסלאן גלאייב) בהיתקלות עם משמר הגבול הרוסי בעת שניסה לחזור מדאגסטן לגאורגיה.
ב-2 בפברואר 2005 קרא נשיא צ'צ'ניה הבדלני אסלאן מסחאדוב להפסקת אש שתימשך לפחות עד ה-22 בפברואר (היום שלפני יום השנה לגירוש האוכלוסייה הצ'צ'נית על ידי סטלין). הקריאה פורסמה באתר אינטרנט בדלני והופנתה לנשיא פוטין, ותוארה כמחווה של רצון טוב.
ב-8 במרץ 2005 נהרג מסחאדוב במבצע של כוחות הביטחון הרוסיים ביישוב הצ'צ'ני טולסטוי-יורט, צפונית-מזרחית לגרוזני.
התנגשויות תכופות יותר ויותר בין כוחות פדרליים למיליטנטים מקומיים נמשכו בדאגסטן, בעוד לחימה ספורדית פרצה באזורים אחרים בדרום רוסיה, כגון אינגושטיה, ובמיוחד בנלצ'יק ב-13 באוקטובר 2005.
ב-2 בפברואר 2006 ביצע סאדולייב שינויים רחבי היקף בממשלתו והורה לכל חבריה לעבור לשטח צ'צ'ניה. בין היתר, הוא הדיח את סגן ראש הממשלה הראשון אחמד זקאייב מתפקידו (אם כי מאוחר יותר מונה זקאייב לשר החוץ). סאדולייב נהרג ביוני 2006, ולאחריו ירש אותו כמנהיג הבדלנים מפקד הטרור הוותיק דוקו אומארוב.
סאדולייב נהרג ביוני 2006, ולאחריו ירש אותו כמנהיג הבדלנים מפקד הטרור הוותיק דוקו אומארוב.
בראיון ל-BBC ב-10 ביולי 2006, אמר סרגיי איבנוב, אז סגן ראש ממשלת רוסיה ושר ההגנה לשעבר, כי "המלחמה נגמרה" וכי "המערכה הצבאית נמשכה שנתיים בלבד".
מאז דצמבר 2005, רמזן קדירוב, מנהיג המיליציה הפרו-מוסקבאית הידועה בשם קדירובצי, מתפקד כשליט בפועל של צ'צ'ניה. קדירוב הפך למנהיג החזק ביותר בצ'צ'ניה, ובפברואר 2007, בתמיכת פוטין, החליף רמזן קדירוב את אלן אלחאנוב כנשיא.
מאז דצמבר 2005, רמזן קדירוב, מנהיג המיליציה הפרו-מוסקבאית הידועה בשם קדירובצי, מתפקד כשליט בפועל של צ'צ'ניה. קדירוב הפך למנהיג החזק ביותר בצ'צ'ניה, ובפברואר 2007, בתמיכת פוטין, החליף רמזן קדירוב את אלן אלחאנוב כנשיא.
נכון לנובמבר 2007, הוכרזו בצ'צ'ניה על ידי מוסקבה לפחות שבע חנינות למיליטנטים בדלנים, וכן לאנשי צבא פדרליים שביצעו פשעים, מאז תחילת המלחמה השנייה.
עד שנת 2009, רוסיה החלישה משמעותית את התנועה הבדלנית הצ'צ'נית והלחימה רחבת ההיקף פסקה. חיילי הצבא הרוסי ומשרד הפנים כבר לא כבשו את הרחובות. גרוזני עברה מאמצי שיקום וחלק גדול מהעיר והאזורים הסובבים אותה נבנו מחדש במהירות.
ב-27 במרץ 2009 נפגש נשיא רוסיה דמיטרי מדבדב עם אלכסנדר בורטניקוב, מנהל שירות הביטחון הפדרלי, כדי לדון בסיום הרשמי של פעולות הלוחמה בטרור בצ'צ'ניה.
ב-15 באפריל 2009 הסתיים רשמית המבצע הממשלתי בצ'צ'ניה.
ב-16 באפריל 2009 הודיע ראש שירות הביטחון הפדרלי, אלכסנדר בורטניקוב, כי רוסיה סיימה את "מבצע האנטי-טרור" שלה בצ'צ'ניה, בטענה שהיציבות הוחזרה לשטח.
ב-16 באפריל 2009 הסתיים רשמית מבצע הלוחמה בטרור בצ'צ'ניה.