ביולי 2001 נפגש עטא עם בן א-שיבה בספרד, שם תיאמו את פרטי המזימה, כולל בחירת המטרה הסופית. בן א-שיבה העביר גם את רצונו של בן לאדן שהפיגועים יבוצעו בהקדם האפשרי. חלק מהחוטפים קיבלו דרכונים מפקידים סעודים מושחתים שהיו בני משפחה, או השתמשו בדרכונים מזויפים כדי להיכנס.