אל-קאעידה
שורשיו של אל-קאעידה נעוצים בשנת 1979, כאשר ברית המועצות פלשה לאפגניסטן.

יום שלישי ספט׳ ד, י עד יום שישי יולי ד, י
U.S, Afghanistan
פיגועי 11 בספטמבר (המכונים גם 9/11) היו סדרה של ארבע מתקפות טרור מתואמות שבוצעו על ידי ארגון הטרור האסלאמי אל-קאעידה נגד ארצות הברית בבוקר יום שלישי, 11 בספטמבר 2001. הפיגועים גרמו למותם של 2,977 קורבנות, ליותר מ-25,000 פצועים, ולנזק של לפחות 10 מיליארד דולר לתשתיות ולרכוש. אנשים נוספים מתו ממחלות סרטן ומחלות נשימתיות הקשורות ל-9/11 בחודשים ובשנים שלאחר הפיגועים.
שורשיו של אל-קאעידה נעוצים בשנת 1979, כאשר ברית המועצות פלשה לאפגניסטן.
אוסאמה בן לאדן נסע לאפגניסטן ועזר לארגן מוג'אהדין ערבים כדי להתנגד לסובייטים. תחת הדרכתו של איימן א-זוואהירי, בן לאדן הפך לרדיקלי יותר. בשנת 1996 פרסם בן לאדן את הפתווה הראשונה שלו, שקראה לחיילים אמריקאים לעזוב את ערב הסעודית.
הפיגועים הוגו על ידי חאליד שייח' מוחמד, שהציג אותם לראשונה לאוסאמה בן לאדן בשנת 1996.
בפתווה שנייה בשנת 1998, בן לאדן פירט את התנגדויותיו למדיניות החוץ האמריקאית ביחס לישראל, כמו גם את הנוכחות המתמשכת של כוחות אמריקאים בערב הסעודית לאחר מלחמת המפרץ. בן לאדן השתמש בטקסטים אסלאמיים כדי להפציר במוסלמים לתקוף אמריקאים עד שהתלונות המוצהרות יבואו על פתרונן. לדברי בן לאדן, חוקרים משפטיים מוסלמים "הסכימו פה אחד לאורך ההיסטוריה האסלאמית כי הג'יהאד הוא חובה אישית אם האויב משמיד את המדינות המוסלמיות".
בראיון בדצמבר 1999 אמר בן לאדן כי הוא מרגיש שהאמריקאים "קרובים מדי למכה", וראה בכך פרובוקציה לעולם המוסלמי כולו. ניתוח אחד של טרור מתאבדים הציע שללא כוחות אמריקאים בערב הסעודית, אל-קאעידה כנראה לא הייתה מצליחה לגרום לאנשים להתחייב למשימות התאבדות.
בתחילת 1999 נתן בן לאדן אישור למוחמד להמשיך בארגון המזימה. מוחמד, בן לאדן וסגנו של בן לאדן, מוחמד עאטף, קיימו סדרה של פגישות בתחילת 1999. עאטף סיפק תמיכה מבצעית, כולל בחירת מטרות וסיוע בארגון נסיעות עבור החוטפים. בן לאדן דחה את הצעתו של מוחמד, ופסל מטרות פוטנציאליות כמו מגדל הבנק האמריקאי בלוס אנג'לס בשל חוסר זמן.
בן לאדן סיפק מנהיגות ותמיכה כספית, והיה מעורב בבחירת המשתתפים. הוא בחר בתחילה את נוואף אל-חאזמי וחאליד אל-מהדאר, שניהם ג'יהאדיסטים מנוסים שנלחמו בבוסניה.
בסוף 1999 הגיעה קבוצת גברים מהמבורג, גרמניה, לאפגניסטן; הקבוצה כללה את מוחמד עטא, מרואן א-שייחי, זיאד ג'ראח ורמזי בן א-שיבה. בן לאדן בחר באנשים אלו מכיוון שהיו משכילים, ידעו לדבר אנגלית והיה להם ניסיון בחיים במערב. מגויסים חדשים נבדקו באופן שגרתי עבור כישורים מיוחדים, וכתוצאה מכך גילו מנהיגי אל-קאעידה שלהאני חנג'ור כבר היה רישיון טיס מסחרי. מוחמד אמר מאוחר יותר שהוא עזר לחוטפים להיטמע על ידי לימודם כיצד להזמין אוכל במסעדות ולהתלבש בבגדים מערביים.
חאזמי ומהדאר הגיעו לארצות הברית באמצע ינואר 2000. בתחילת 2000 לקחו חאזמי ומהדאר שיעורי טיסה בסן דייגו, קליפורניה, אך שניהם דיברו מעט אנגלית, ביצעו ביצועים גרועים בשיעורי הטיסה, ובסופו של דבר שימשו כחוטפים משניים – או "שרירים".
חנג'ור הגיע לסן דייגו ב-8 בדצמבר 2000, והצטרף לחאזמי. הם עזבו זמן קצר לאחר מכן לאריזונה, שם עבר חנג'ור אימון רענון.
ב-1 במאי 2001 הודיע ה-CIA לבית הלבן כי "קבוצה שנמצאת כעת בארצות הברית" נמצאת בתהליך תכנון של מתקפת טרור.
התדרוך היומי לנשיא ב-29 ביוני 2001 קבע כי "[ארצות הברית] אינה המטרה של קמפיין דיסאינפורמציה על ידי אוסאמה בן לאדן". המסמך חזר על ראיות סביב האיום, "כולל ראיון באותו חודש עם עיתונאי מהמזרח התיכון שבו הזהירו עוזריו של בן לאדן מפני מתקפה קרובה, כמו גם לחצים תחרותיים שהרגיש מנהיג הטרור, בהתחשב במספר האסלאמיסטים המגויסים לאזור הבדלני הרוסי צ'צ'ניה." ה-CIA חזר והדגיש כי הפיגועים צפויים להיות בטווח הקרוב ובעלי "השלכות דרמטיות".
ביולי 2001 נפגשו ג'יי קופר בלאק, ראש המלחמה בטרור של ה-CIA, וג'ורג' טנט, מנהל ה-CIA, עם קונדוליזה רייס, היועצת לביטחון לאומי, כדי לעדכן אותה על יירוטי תקשורת ומודיעין סודי ביותר אחר המראים על הסבירות הגוברת שאל-קאעידה יתקוף בקרוב את ארצות הברית. רייס הקשיבה אך לא השתכנעה, שכן היו לה סדרי עדיפויות אחרים להתמקד בהם. שר ההגנה דונלד רמספלד הטיל ספק במידע, והציע שמדובר בהטעיה שנועדה לבחון את תגובת ארה"ב.
ביולי 2001 נפגש עטא עם בן א-שיבה בספרד, שם תיאמו את פרטי המזימה, כולל בחירת המטרה הסופית. בן א-שיבה העביר גם את רצונו של בן לאדן שהפיגועים יבוצעו בהקדם האפשרי. חלק מהחוטפים קיבלו דרכונים מפקידים סעודים מושחתים שהיו בני משפחה, או השתמשו בדרכונים מזויפים כדי להיכנס.
ב-6 באוגוסט 2001, התדרוך היומי של הנשיא, שכותרתו "בן לאדן נחוש לתקוף בארה"ב", הזהיר כי בן לאדן מתכנן לנצל את הגישה של פעיליו לארה"ב כדי לבצע פיגוע טרור: מידע של ה-FBI... מצביע על דפוסים של פעילות חשודה במדינה זו, העולים בקנה אחד עם הכנות לחטיפות או סוגים אחרים של התקפות. רייס הגיבה לטענות על התדרוך בהצהרה בפני ועדת ה-9/11, וציינה כי התדרוך "לא נבע ממידע על איום ספציפי" ו"לא העלה את האפשרות שמחבלים עלולים להשתמש במטוסים כטילים".
באמצע אוגוסט, בית ספר לטיסה במינסוטה התריע בפני ה-FBI על זכריאס מוסאווי, ששאל "שאלות חשודות". ה-FBI גילה שמוסאווי היה רדיקלי שנסע לפקיסטן, ושירות ההגירה והאזרחות (INS) עצר אותו על כך ששהה בארה"ב מעבר לתוקף הוויזה הצרפתית שלו. בקשתם לערוך חיפוש במחשב הנייד שלו נדחתה על ידי מטה ה-FBI בשל היעדר סיבה סבירה.
טיסה 11 של אמריקן איירליינס: מטוס בואינג 767, המריא מנמל התעופה לוגן בשעה 7:59 בבוקר בדרכו ללוס אנג'לס עם צוות של 11 איש ו-76 נוסעים, לא כולל חמישה חוטפים. החוטפים הטיסו את המטוס אל החזית הצפונית של המגדל הצפוני של מרכז הסחר העולמי בניו יורק בשעה 8:46 בבוקר. מוחמד עטא ריסק בכוונה את המטוס לתוך המגדל הצפוני של מרכז הסחר העולמי בניו יורק, והרג את כל 92 האנשים שהיו על סיפונו ומספר לא ידוע של אנשים באזור הפגיעה בבניין. המטוס המעורב, בואינג 767-223ER, רישום N334AA.
טיסה 175 של יונייטד איירליינס: מטוס בואינג 767, המריא מנמל התעופה לוגן בשעה 8:14 בבוקר בדרכו ללוס אנג'לס עם צוות של תשעה אנשים ו-51 נוסעים, לא כולל חמישה חוטפים. החוטפים הטיסו את המטוס אל החזית הדרומית של המגדל הדרומי של מרכז הסחר העולמי בניו יורק בשעה 9:03 בבוקר. כ-30 דקות לאחר ההמראה, החוטפים פרצו בכוח לתא הטייס והשתלטו על הטייס וקצין ראשון, מה שאפשר לחוטף הראשי והטייס המיומן מרואן א-שחי להשתלט על ההגאים.
בשעה 8:32 בבוקר קיבלו פקידי ה-FAA הודעה כי טיסה 11 נחטפה, והם בתורם הודיעו לפיקוד הגנת האוויר והחלל של צפון אמריקה (NORAD). (לפני ההתנגשות)
טיסה 93 של יונייטד איירליינס: מטוס בואינג 757, המריא מנמל התעופה הבינלאומי ניוארק בשעה 8:42 בבוקר בדרכו לסן פרנסיסקו, עם צוות של שבעה אנשים ו-33 נוסעים, לא כולל ארבעה חוטפים. כאשר הנוסעים ניסו להכניע את החוטפים, המטוס התרסק בשדה בסטוניקריק טאונשיפ ליד שנקסוויל, פנסילבניה, בשעה 10:03 בבוקר. זיאד ג'ראח, שהוכשר כטייס, השתלט על המטוס והפנה אותו בחזרה לכיוון החוף המזרחי, לעבר וושינגטון די.סי., בירת ארה"ב. חאליד שייח' מוחמד ורמזי בן א-שיבה, הנחשבים למתכננים העיקריים של הפיגועים, טענו כי היעד המיועד היה בניין הקפיטול של ארה"ב.
בשעה 8:46 בבוקר, חמישה חוטפים ריסקו את טיסה 11 של אמריקן איירליינס לתוך החזית הצפונית של המגדל הצפוני של מרכז הסחר העולמי (1 WTC).
NORAD הזניק שני מטוסי F-15 מבסיס המשמר הלאומי האווירי אוטיס במסצ'וסטס והם היו באוויר עד השעה 8:53 בבוקר. בגלל תקשורת איטית ומבולבלת מצד פקידי ה-FAA, ל-NORAD הייתה התראה של 9 דקות בלבד שטיסה 11 נחטפה, ולא הייתה התראה על אף אחת מהטיסות האחרות לפני שהתרסקו. (אחרי ההתנגשות הראשונה (טיסה 11 של אמריקן איירליינס)).
בשעה 9:03 בבוקר, חמישה חוטפים נוספים ריסקו את טיסה 175 של יונייטד איירליינס לתוך החזית הדרומית של המגדל הדרומי (2 WTC). מספר ההרוגים מהתנגשות זו הוא 2,606 במרכז הסחר העולמי ובסביבתו.
טיסה 77 של אמריקן איירליינס: מטוס בואינג 757, המריא מנמל התעופה הבינלאומי וושינגטון דאלס בשעה 8:20 בבוקר בדרכו ללוס אנג'לס עם צוות של שישה אנשים ו-53 נוסעים, לא כולל חמישה חוטפים. החוטפים הטיסו את המטוס אל החזית המערבית של הפנטגון במחוז ארלינגטון, וירג'יניה, בשעה 9:37 בבוקר. האני חנג'ור, אחד החוטפים שהוכשר כטייס, השתלט על הטיסה. ללא ידיעת החוטפים, נוסעים על הסיפון ביצעו שיחות טלפון לחברים ובני משפחה והעבירו מידע על החטיפה.
לאחר ששני מגדלי התאומים כבר נפגעו, מטוסי קרב נוספים הוזנקו מבסיס חיל האוויר לנגלי בווירג'יניה בשעה 9:30 בבוקר.
חמישה חוטפים הטיסו את טיסה 77 של אמריקן איירליינס לתוך הפנטגון בשעה 9:37 בבוקר. מספר ההרוגים מהתנגשות זו הוא 125.
בשעה 9:42 בבוקר, מינהל התעופה הפדרלי (FAA) קרקע את כל המטוסים האזרחיים בתוך ארה"ב היבשתית, ומטוסים אזרחיים שכבר היו בטיסה התבקשו לנחות מיד. כל המטוסים האזרחיים הבינלאומיים הוחזרו או הופנו לנמלי תעופה בקנדה או במקסיקו, ונאסר עליהם לנחות בשטח ארצות הברית במשך שלושה ימים.
שלושה בניינים במרכז הסחר העולמי קרסו עקב כשל מבני שנגרם משריפה. המגדל הדרומי קרס בשעה 9:59 בבוקר לאחר שבער במשך 56 דקות בשריפה שנגרמה מפגיעת טיסה 175 של יונייטד איירליינס והתפוצצות הדלק שלה.
בשעה 10:20 בבוקר נתן סגן הנשיא דיק צ'ייני פקודות להפיל כל מטוס מסחרי שניתן לזהות בוודאות כחטוף. הוראות אלו לא הועברו בזמן כדי שמטוסי הקרב יוכלו לפעול.
המגדל הצפוני קרס בשעה 10:28 בבוקר לאחר שבער במשך 102 דקות.
טיסה רביעית, טיסה 93 של יונייטד איירליינס, התרסקה ליד שנקסוויל, פנסילבניה, דרומית-מזרחית לפיטסבורג, בשעה 10:03 בבוקר לאחר שהנוסעים נאבקו בארבעת החוטפים. ההערכה היא שיעדה של טיסה 93 היה הקפיטול או הבית הלבן.
בשעה 14:40 אחר הצהריים של ה-11 בספטמבר, שר ההגנה דונלד רמספלד נתן פקודות מהירות לעוזריו לחפש ראיות למעורבות עיראקית. על פי רשימות שערך הבכיר במדיניות סטיבן קמבון, רמספלד ביקש: "מידע טוב ומהיר. שפטו אם זה מספיק טוב כדי לפגוע ב-ס.ח. [סדאם חוסיין] באותו זמן. לא רק ב-UBL" [אומה בן לאדן].
כאשר המגדל הצפוני קרס, הריסות נפלו על בניין 7 של מרכז הסחר העולמי (7 WTC) הסמוך, גרמו לו נזק והציתו שריפות. שריפות אלו בערו במשך שעות, פגעו בשלמות המבנית של הבניין, ובניין 7 קרס בשעה 17:21.
הפיגועים גרמו למותם של 2,996 בני אדם (כולל כל 19 החוטפים) ופצעו יותר מ-6,000 אחרים. מניין ההרוגים כלל 265 בני אדם בארבעת המטוסים (שמהם לא היו ניצולים). רוב הנספים היו אזרחים, למעט 343 כבאים, 72 שוטרים, 55 אנשי צבא ו-19 הטרוריסטים שמתו בפיגועים.
מוקדם בבוקר ה-11 בספטמבר 2001, 19 חוטפים השתלטו על ארבעה מטוסי נוסעים מסחריים (שני מטוסי בואינג 757 ושני מטוסי בואינג 767) בדרכם לקליפורניה (שלושה היו בדרכם ל-LAX בלוס אנג'לס ואחד ל-SFO בסן פרנסיסקו).
שני תריסר מבני משפחתו של אוסאמה בן לאדן פונו בדחיפות מהמדינה במטוס שכר פרטי בפיקוח ה-FBI שלושה ימים לאחר הפיגועים.
ב-14 בספטמבר 2001, הקונגרס האמריקאי העביר את האישור לשימוש בכוח צבאי נגד טרוריסטים. האישור, שעדיין בתוקף, מעניק לנשיא את הסמכות להשתמש בכל "כוח הכרחי ומתאים" נגד אלו שקבע כי "תכננו, אישרו, ביצעו או סייעו" לפיגועי ה-11 בספטמבר, או שהעניקו מקלט לאותם אנשים או קבוצות.
היו דיווחים על פיגועים נגד מסגדים ומבני דת אחרים (כולל הטלת פצצת תבערה על מקדש הינדי), ותקיפות נגד אנשים, כולל רצח אחד: בלבייר סינג סודהי, סיקי שנחשב בטעות למוסלמי, נורה למוות ב-15 בספטמבר 2001, במסה, אריזונה.
בן לאדן תזמר את הפיגועים ובתחילה הכחיש מעורבות אך מאוחר יותר חזר בו מהצהרותיו הכוזבות. אל-ג'זירה שידרה הצהרה של בן לאדן ב-16 בספטמבר 2001, שבה נאמר: "אני מדגיש שלא ביצעתי את המעשה הזה, שנראה כי בוצע על ידי אנשים עם מניעים משלהם."
בעקבות הפיגועים, עשרות אלפי אנשים ניסו להימלט מאפגניסטן בשל האפשרות לתגובה צבאית מצד ארצות הברית. פקיסטן, שכבר אירחה פליטים אפגנים רבים מסכסוכים קודמים, סגרה את גבולה עם אפגניסטן ב-17 בספטמבר 2001.
זמן קצר לאחר הפיגועים, הנשיא בוש הופיע בפומבי במרכז האסלאמי הגדול ביותר בוושינגטון די.סי. והכיר ב"תרומה היקרה מפז" שמיליוני מוסלמים אמריקאים תרמו למדינתם וקרא "להתייחס אליהם בכבוד".
ב-20 בספטמבר 2001, הנשיא ג'ורג' ו. בוש נשא דברים בפני האומה ובפני מושב משותף של הקונגרס של ארצות הברית בנוגע לאירועי ה-11 בספטמבר ותשעת הימים שלאחר מכן של מאמצי החילוץ וההצלה, ותיאר את תגובתו המתוכננת לפיגועים. תפקידו הבולט של ראש עיריית ניו יורק רודי ג'וליאני זיכה אותו בשבחים רבים בניו יורק וברמה הלאומית.
ב-25 בספטמבר 2001, נשיאה החמישי של איראן, מוחמד ח'אתמי, שנפגש עם שר החוץ הבריטי ג'ק סטרו, אמר: "איראן מבינה היטב את רגשותיהם של האמריקאים לגבי פיגועי הטרור בניו יורק ובוושינגטון ב-11 בספטמבר". הוא אמר שלמרות שממשלים אמריקאים היו במקרה הטוב אדישים לפעולות טרור באיראן (מאז 1979), האיראנים חשו אחרת והביעו את רגשות ההזדהות שלהם עם האמריקאים האבלים באירועים הטרגיים בשתי הערים. הוא גם הצהיר כי "אין להעניש עמים במקום טרוריסטים".
ב-27 בספטמבר 2001, ה-FBI פרסם תמונות של כל 19 החוטפים, יחד עם מידע על לאומים אפשריים ושמות בדויים. חמישה עשר מהגברים היו מערב הסעודית, שניים מאיחוד האמירויות הערביות, אחד ממצרים ואחד מלבנון.
השלכות הפיגוע ב-9/11 הובילו לתגובות מיידיות לאירוע, כולל תגובות פנים, פשעי שנאה, תגובות של מוסלמים אמריקאים לאירוע, תגובות בינלאומיות לפיגוע ותגובות צבאיות לאירועים. תוכנית פיצויים נרחבת הוקמה במהירות על ידי הקונגרס בעקבות זאת כדי לפצות גם את הקורבנות ומשפחות הקורבנות של הפיגוע ב-9/11.
ב-7 באוקטובר 2001, החלה המלחמה באפגניסטן כאשר כוחות ארה"ב ובריטניה פתחו במבצעי הפצצה אווירית שכוונו למחנות הטאליבן ואל-קאעידה, ולאחר מכן פלשו לאפגניסטן עם כוחות קרקע של הכוחות המיוחדים.
בנובמבר 2001, כוחות ארה"ב מצאו קלטת וידאו מבית הרוס בג'לאלאבאד, אפגניסטן. בסרטון נראה בן לאדן משוחח עם חאלד אל-חארבי ומודה בידיעה מוקדמת על הפיגועים.
דבר זה הוביל בסופו של דבר להפלת שלטון הטאליבן באפגניסטן עם נפילת קנדהאר ב-7 בדצמבר 2001, על ידי כוחות הקואליציה בהובלת ארה"ב. הסכסוך באפגניסטן בין התקוממות הטאליבן לבין הכוחות האפגניים הנתמכים על ידי משימת התמיכה הנחושה של נאט"ו נמשך.
השריפות האחרונות באתר מרכז הסחר העולמי כובו ב-20 בדצמבר, בדיוק 100 ימים לאחר הפיגועים.
ב-27 בדצמבר 2001 פורסם סרטון שני של בן לאדן. בסרטון אמר בן לאדן: "התברר כי המערב בכלל ואמריקה בפרט חשים שנאה בלתי ניתנת לתיאור כלפי האסלאם. ... זוהי שנאת צלבנים. הטרור נגד אמריקה ראוי לשבח כי הוא היה תגובה לעוול, שמטרתו לאלץ את אמריקה להפסיק את תמיכתה בישראל, שהורגת את עמנו. ... אנו אומרים שסופה של ארצות הברית קרוב, בין אם בן לאדן או חסידיו חיים או מתים, שכן התעוררות האומה המוסלמית כבר התרחשה."
באביב 2001 החלו החוטפים המשניים להגיע לארצות הברית.
במונחי דולר של 2001, מניות ארה"ב איבדו 1.4 טריליון דולר בערכן באותו שבוע.
העיתונאי יוסרי פודה מערוץ הטלוויזיה הערבי אל-ג'זירה דיווח כי באפריל 2002 הודה חאליד שייח' מוחמד במעורבותו בפיגועים, יחד עם רמזי בן א-שיבה.
לאחר חודשים של פעולות מסביב לשעון, אתר מרכז הסחר העולמי פונה עד סוף מאי 2002.
הוועדה הלאומית לחקירת הפיגועים בארצות הברית (ועדת 9/11), בראשות תומאס קין ולי ה' המילטון, הוקמה בסוף 2002 כדי להכין דין וחשבון יסודי על הנסיבות סביב הפיגועים, כולל המוכנות והתגובה המיידית לפיגועים.
החלק הפגוע של הפנטגון שוקם ואוכלס מחדש בתוך שנה מהפיגועים.
נטען כי חשיפה לרעלים בהריסות תרמה למחלות קטלניות או מתישות בקרב אנשים שהיו ב'גראונד זירו'. ממשל בוש הורה לסוכנות להגנת הסביבה (EPA) לפרסם הצהרות מרגיעות בנוגע לאיכות האוויר לאחר הפיגועים, תוך ציון ביטחון לאומי, אך ה-EPA לא קבעה שאיכות האוויר חזרה לרמות שלפני ה-11 בספטמבר עד יוני 2002.
חאליד שייח' מוחמד נעצר ב-1 במרץ 2003, ברבלפינדי, פקיסטן, על ידי גורמי ביטחון פקיסטניים שעבדו עם ה-CIA. לאחר מכן הוא הוחזק במספר בתי כלא חשאיים של ה-CIA ובגואנטנמו, שם נחקר ועונה בשיטות שכללו הטבעה (ווטרבורדינג).
עד המועד האחרון להגשת בקשות לפיצוי קורבנות ב-11 בספטמבר 2003, התקבלו 2,833 בקשות ממשפחותיהם של הנספים.
הכשלים בשיתוף המודיעין יוחסו למדיניות משרד המשפטים מ-1995 שהגבילה שיתוף מודיעין, בשילוב עם חוסר רצון של ה-CIA וה-NSA לחשוף "מקורות ושיטות רגישים" כגון האזנות סתר. בעדותו בפני ועדת 9/11 באפריל 2004, נזכר התובע הכללי דאז ג'ון אשקרופט כי "הגורם המבני הגדול ביותר לבעיית ה-11 בספטמבר היה החומה שהפרידה בין חוקרים פליליים לסוכני מודיעין".
ב-22 ביולי 2004 פרסמה הוועדה את דו"ח ועדת 9/11. הדו"ח פירט את אירועי ה-9/11, קבע כי הפיגועים בוצעו על ידי חברי אל-קאעידה, ובחן כיצד סוכנויות הביטחון והמודיעין לא תואמו כראוי כדי למנוע את הפיגועים. חברי הוועדה, שהורכבו מקבוצה דו-מפלגתית עצמאית של רובם סנאטורים, נציגים ומושלים לשעבר, הסבירו: "אנו מאמינים שפיגועי ה-9/11 חשפו ארבעה סוגי כשלים: בדמיון, במדיניות, ביכולות ובניהול".
בשנת 2004 טען בן לאדן כי הרעיון להשמיד את המגדלים עלה בדעתו לראשונה ב-1982, כאשר היה עד להפצצת ישראל על בנייני מגורים רבי-קומות במהלך מלחמת לבנון הראשונה. כמה אנליסטים, בהם מירשהיימר וולט, טענו גם הם כי התמיכה האמריקאית בישראל הייתה אחד המניעים לפיגועים.
דו"ח ועדת 9/11 משנת 2004 קבע כי העוינות כלפי ארצות הברית שחש מוחמד, האדריכל הראשי של פיגועי ה-9/11, נבעה מ"אי-הסכמתו האלימה עם מדיניות החוץ של ארה"ב התומכת בישראל".
ב-26 בספטמבר 2005 גזר בית המשפט העליון הספרדי על אבו דחאדח 27 שנות מאסר בגין קשירת קשר לפיגועי ה-9/11 וחברות בארגון הטרור אל-קאעידה. במקביל, 17 חברי אל-קאעידה נוספים נידונו לעונשים של בין שש לאחת-עשרה שנים.
בניית מגדל מרכז הסחר העולמי 1 החלה ב-27 באפריל 2006, והגיעה לגובהה המלא ב-20 במאי 2013. הצריח הותקן בראש הבניין באותו תאריך, מה שהביא את גובהו של 1 WTC ל-1,776 רגל (541 מ') ובכך תבע את התואר הבניין הגבוה ביותר בחצי הכדור המערבי.
אחת האנדרטאות הראשונות הייתה 'מחווה באור', התקנה של 88 זרקורים בטביעות הרגל של מגדלי מרכז הסחר העולמי. בניו יורק נערכה תחרות להקמת אנדרטה מתאימה באתר. העיצוב הזוכה, 'היעדר משתקף', נבחר באוגוסט 2006, והוא מורכב מזוג בריכות השתקפות בטביעות הרגל של המגדלים, מוקפות ברשימת שמות הקורבנות בחלל הנצחה תת-קרקעי.
סרטון נוסף שהושג על ידי אל-ג'זירה בספטמבר 2006 מציג את בן לאדן עם רמזי בן א-שיבה, וכן שני חוטפים, חמזה אל-גאמדי ווואיל א-שהרי, כשהם מבצעים הכנות לפיגועים.
שברי עצמות עדיין נמצאו בשנת 2006 על ידי עובדים שהתכוננו להרוס את בניין דויטשה בנק הפגוע.
במהלך שימועים בארה"ב במפרץ גואנטנמו במרץ 2007, מוחמד הודה שוב באחריותו לפיגועים, וקבע כי הוא "היה אחראי למבצע ה-11 בספטמבר מא' ועד ת'" וכי הצהרתו לא ניתנה תחת כפייה.
במאי 2007, סנאטורים משתי המפלגות הפוליטיות הגדולות בארה"ב ניסחו חקיקה להפיכת הסקירה לפומבית. אחד התומכים, הסנאטור רון ויידן, אמר: "לעם האמריקאי יש זכות לדעת מה עשתה סוכנות הביון המרכזית באותם חודשים קריטיים לפני ה-11 בספטמבר".
במחוז ארלינגטון, אנדרטת הפנטגון הושלמה ונפתחה לציבור ביום השנה השביעי לפיגועים בשנת 2008. היא מורכבת מפארק מעוצב עם 184 ספסלים הפונים לעבר הפנטגון. כאשר הפנטגון שופץ בשנים 2001–2002, נכללו בו קפלה פרטית ואנדרטה פנימית, הממוקמות בנקודה שבה התרסקה טיסה 77 לתוך הבניין.
ב-22 בדצמבר 2010, הקונגרס של ארצות הברית העביר את חוק הבריאות והפיצויים על שם ג'יימס ל. זדרוגה ל-11 בספטמבר. החוק הקצה 4.2 מיליארד דולר ליצירת תוכנית הבריאות של מרכז הסחר העולמי, המספקת בדיקות וטיפולים לאנשים הסובלים מבעיות בריאות ארוכות טווח הקשורות לפיגועי ה-11 בספטמבר.
בשנת 2010, צוות של אנתרופולוגים וארכיאולוגים חיפש שרידי אדם ופריטים אישיים במזבלה של פרש קילס, שם נמצאו 72 שרידי אדם נוספים, מה שהביא את הסך הכולל שנמצא ל-1,845. פרופיל ה-DNA נמשך בניסיון לזהות קורבנות נוספים.
לאחר מצוד של 10 שנים, נשיא ארה"ב ברק אובמה הודיע כי בן לאדן נהרג על ידי כוחות מיוחדים אמריקאים במתחם שלו באבוטבאד, פקיסטן, ב-1 במאי 2011.
האנדרטה הושלמה ב-11 בספטמבר 2011.
בניין פיטרמן הול של מכללת קהילת רובע מנהטן ברחוב ברודוויי 30 מערב הוכרז כמבנה מסוכן עקב נזק נרחב בפיגועים, ונפתח מחדש בשנת 2012.
באתר מרכז הסחר העולמי, תוכננו להיבנות שלושה מגדלי משרדים נוספים בלוק אחד מזרחית למקום שבו עמדו המגדלים המקוריים. בינתיים, מגדל 4 WTC נפתח בנובמבר 2013, מה שהפך אותו למגדל השני באתר שנפתח אחרי 7 מרכז הסחר העולמי, וכן לבניין הראשון בנכס של רשות הנמלים.
מוזיאון נפתח גם הוא באתר ב-21 במאי 2014.
בשאנקסוויל, מרכז מבקרים מבטון וזכוכית נפתח ב-10 בספטמבר 2015, הממוקם על גבעה המשקיפה על אתר ההתרסקות ועל קיר השמות משיש לבן. פלטפורמת תצפית במרכז המבקרים וקיר השיש הלבן מיושרים שניהם מתחת לנתיב הטיסה של טיסה 93.
תחנת מרכז הסחר העולמי של מערכת הרכבות PATH מוקמה מתחת למתחם. כתוצאה מכך, התחנה כולה נהרסה לחלוטין כאשר המגדלים קרסו, והמנהרות המובילות לתחנת אקסצ'יינג' פלייס בג'רזי סיטי, ניו ג'רזי, הוצפו במים. התחנה נבנתה מחדש כמרכז התחבורה של מרכז הסחר העולמי בעלות של 4 מיליארד דולר, שנפתח מחדש במרץ 2015.
ביולי 2016, ממשל אובמה שחרר מסמך, שנערך על ידי חוקרי ארה"ב דנה לסמן ומייקל ג'ייקובסון, הידוע בשם "קובץ 17", המכיל רשימה של שלושה תריסר אנשים, כולל קציני מודיעין סעודיים חשודים שהיו מוצבים בשגרירות ערב הסעודית בוושינגטון די.סי., הקושרת את ערב הסעודית לחוטפים.
מגדל 3 WTC נפתח ב-11 ביוני 2018, והפך לגורד השחקים הרביעי באתר שהושלם.
תחנת רחוב קורטלנדט בקו IRT ברודוויי–השדרה השביעית של הרכבת התחתית של ניו יורק הייתה גם היא בקרבת מתחם מרכז הסחר העולמי, והתחנה כולה, יחד עם המסילה שמסביב, הפכה להריסות. התחנה האחרונה נבנתה מחדש ונפתחה לציבור ב-8 בספטמבר 2018.
מכתב שהוגש על ידי עורכי דינו של חאלד שייח' מוחמד בבית המשפט המחוזי של ארה"ב במנהטן ב-26 ביולי 2019 ציין כי הוא מעוניין להעיד על תפקידה של ערב הסעודית בפיגועי ה-11 בספטמבר ולעזור לקורבנות ולמשפחות הקורבנות של ה-11 בספטמבר בתמורה לכך שארצות הברית לא תדרוש עונש מוות נגדו. ג'יימס קריינדלר, אחד מעורכי הדין של הקורבנות, העלה שאלות לגבי התועלת של מוחמד.