क्यूबा की क्रांति की सफलता के तुरंत बाद, नई सरकार को उखाड़ फेंकने के प्रयास में उग्रवादी प्रति-क्रांतिकारी समूह विकसित हुए। सरकारी बलों के खिलाफ सशस्त्र हमले किए गए। 3 अप्रैल 1961 को, बायामो में मिलिशिया बैरकों पर एक बम हमले में चार मिलिशिया मारे गए और आठ अन्य घायल हो गए।
4 अप्रैल 1961 को, राष्ट्रपति कैनेडी ने बे ऑफ पिग्स योजना (जिसे ऑपरेशन ज़पाटा के नाम से भी जाना जाता है) को मंजूरी दी, क्योंकि इसमें पर्याप्त लंबा हवाई क्षेत्र था, यह त्रिनिदाद योजना की तुलना में नागरिकों के बड़े समूहों से दूर था, और यह सैन्य रूप से कम "शोर" वाला था, जिससे प्रत्यक्ष अमेरिकी भागीदारी से इनकार करना अधिक विश्वसनीय हो जाता। आक्रमण लैंडिंग क्षेत्र को लास विलास प्रांत में बाहिया डी कोचिनोस (बे ऑफ पिग्स) की सीमा से लगे समुद्र तटों पर बदल दिया गया था।
आइजनहावर प्रशासन ने क्यूबा में फिदेल कास्त्रो के शासन को उखाड़ फेंकने के लिए एक योजना बनाई थी। सेंट्रल इंटेलिजेंस एजेंसी (CIA) के नेतृत्व में, अमेरिकी सेना की मदद से, यह योजना अमेरिकी-प्रशिक्षित, कास्त्रो-विरोधी क्यूबाई प्रवासियों द्वारा क्यूबा पर आक्रमण करने की थी, जिसका नेतृत्व CIA के अर्धसैनिक अधिकारी कर रहे थे। इरादा क्यूबा पर आक्रमण करना और क्यूबा के लोगों के बीच विद्रोह भड़काना था, ताकि कास्त्रो को सत्ता से हटाया जा सके। कैनेडी ने 4 अप्रैल, 1961 को अंतिम आक्रमण योजना को मंजूरी दी।
9 अप्रैल 1961 को, ब्रिगेड 2506 के कर्मियों, जहाजों और विमानों ने ग्वाटेमाला से प्यूर्टो काबेज़स में स्थानांतरण शुरू किया। कर्टिस C-46 का उपयोग रेटालहुलेउ और प्यूर्टो काबेज़स में एक CIA बेस (कोड-नाम JMTide, उर्फ हैप्पी वैली) के बीच परिवहन के लिए भी किया गया था।
क्यूबा के सुरक्षा तंत्र को अपने व्यापक गुप्त खुफिया नेटवर्क के माध्यम से पता था कि आक्रमण होने वाला है। फिर भी, आक्रमण से कुछ दिन पहले, तोड़फोड़ के कई कृत्य किए गए, जैसे कि एल एनकैंटो आग, 13 अप्रैल को हवाना के एक डिपार्टमेंट स्टोर में आगजनी का हमला जिसमें एक दुकान कर्मचारी की मौत हो गई।
अंधेरे की आड़ में, आक्रमण बेड़े ने 14 अप्रैल की रात को प्यूर्टो काबेज़स, निकारागुआ से प्रस्थान किया और बे ऑफ पिग्स की ओर बढ़ गया।
क्यूबा के हवाई क्षेत्रों पर हमला करने के लिए प्यूर्टो काबेज़स से आठ B-26 के उड़ान भरने के लगभग 90 मिनट बाद, एक और B-26 एक धोखाधड़ी वाली उड़ान पर रवाना हुआ जो इसे क्यूबा के करीब ले गई लेकिन उत्तर की ओर फ्लोरिडा की ओर मुड़ गई। बमवर्षक समूहों की तरह, इसमें गलत FAR चिह्न थे और वही संख्या 933 थी जो कम से कम दो अन्य पर चित्रित थी। प्रस्थान से पहले, विमान के दो इंजनों में से एक का काउलिंग CIA कर्मियों द्वारा हटा दिया गया, उस पर गोली चलाई गई, फिर वापस लगा दिया गया ताकि यह गलत आभास दिया जा सके कि विमान को अपनी उड़ान के दौरान किसी बिंदु पर जमीनी आग का सामना करना पड़ा था। क्यूबा के उत्तर में एक सुरक्षित दूरी पर, पायलट ने काउलिंग में पहले से लगे बुलेट छेदों वाले इंजन को बंद कर दिया, एक मेडे कॉल रेडियो की, और मियामी अंतर्राष्ट्रीय हवाई अड्डे पर उतरने के लिए तत्काल अनुमति का अनुरोध किया। वह उतरा और हवाई अड्डे के सैन्य क्षेत्र में एक वायु सेना C-47 के पास टैक्सी की और कई सरकारी कारों द्वारा उसका स्वागत किया गया। पायलट मारियो ज़ुनिगा था, जो पहले FAEC (बतिस्ता के तहत क्यूबा वायु सेना) का था, और उतरने के बाद, उसने 'जुआन गार्सिया' का स्वांग रचा और सार्वजनिक रूप से दावा किया कि तीन सहयोगियों ने भी FAR से दलबदल किया है।
15 अप्रैल को, सीआईए द्वारा आपूर्ति किए गए बी-26 विमानों ने तीन क्यूबाई सैन्य हवाई क्षेत्रों पर बमबारी की; अमेरिका ने घोषणा की कि अपराधी क्यूबाई वायु सेना के दलबदलू पायलट थे, लेकिन कास्त्रो ने इन दावों को गलत सूचना (फॉल्स फ्लैग मिसइन्फॉर्मेशन) के रूप में उजागर किया।
15 अप्रैल को, एफ़िजेनियो अमेइजेरस के नेतृत्व में क्यूबा की राष्ट्रीय पुलिस ने हजारों संदिग्ध क्रांतिकारी-विरोधी व्यक्तियों को गिरफ्तार करने और उन्हें हवाना में कार्ल मार्क्स थिएटर, फोर्टालेज़ा डे ला कबाना की खाई और प्रिंसिपे कैसल, और मटान्ज़स में बेसबॉल पार्क जैसे अस्थायी स्थानों में हिरासत में लेने की प्रक्रिया शुरू की।
14/15 अप्रैल की रात के दौरान, हिगिनियो 'निनो' डियाज़ की कमान में लगभग 164 क्यूबा के निर्वासितों द्वारा बाराकोआ, ओरिएंट प्रांत के पास एक मोड़ वाली लैंडिंग की योजना बनाई गई थी। टोही नावें जहाज पर वापस लौट आईं जब उनके चालक दल ने तटरेखा के साथ क्यूबा के मिलिशिया बलों की गतिविधियों का पता लगाया। उन गतिविधियों के परिणामस्वरूप, दिन के उजाले में, सैंटियागो डी क्यूबा से बाराकोआ क्षेत्र के ऊपर एक टोही उड़ान शुरू की गई। वह एक FAR (Fuerza Aérea Revolucionaria) (क्यूबा वायु सेना) T-33 था, जिसे लेफ्टिनेंट ओरेस्टेस एकोस्टा उड़ा रहे थे, और वह दुर्घटनाग्रस्त होकर समुद्र में गिर गया।
15 अप्रैल 1961 को, क्यूबा के स्थानीय समयानुसार सुबह लगभग 06:00 बजे, तीन समूहों में आठ डगलस B-26B इनवेडर बमवर्षकों ने एक साथ सैन एंटोनियो डी लॉस बानोस और स्यूदाद लिबर्टाड (पूर्व में कैंपो कोलंबिया नाम) में तीन क्यूबा हवाई क्षेत्रों पर हमला किया, जो दोनों हवाना के पास थे, साथ ही सैंटियागो डी क्यूबा में एंटोनियो मैसेओ अंतर्राष्ट्रीय हवाई अड्डे पर भी हमला किया।
15 अप्रैल को सुबह 10:30 बजे संयुक्त राष्ट्र में, क्यूबा के विदेश मंत्री राउल रोआ ने अमेरिका पर क्यूबा के खिलाफ आक्रामक हवाई हमलों का आरोप लगाया, और उस दोपहर औपचारिक रूप से संयुक्त राष्ट्र महासभा की राजनीतिक (प्रथम) समिति में एक प्रस्ताव पेश किया। केवल कुछ दिन पहले, CIA ने राउल रोआ को दलबदल करने के लिए लुभाने का असफल प्रयास किया था।
16 अप्रैल को, मेरार्डो लियोन, जोस लियोन और 14 अन्य लोगों ने लास विलास में लास डेलिसियास एस्टेट में एक सशस्त्र विद्रोह किया, जिसमें केवल चार लोग जीवित बचे। लियोनेल मार्टिनेज और तीन अन्य ग्रामीण इलाकों में चले गए।
16 अप्रैल की देर रात, CIA/ब्रिगेड 2506 का आक्रमण बेड़ा क्यूबा से लगभग 65 किलोमीटर (40 मील) दक्षिण में 'रेंडेज़वस पॉइंट ज़ुलु' पर एकत्रित हुआ, जो निकारागुआ के प्यूर्टो कैबेज़स से रवाना हुआ था, जहाँ उन्हें न्यू ऑरलियन्स में हथियार और आपूर्ति लोड करने के बाद सैनिकों और अन्य सामग्री के साथ लोड किया गया था।
15/16 अप्रैल की रात को, निनो डियाज़ समूह बाराकोआ के पास एक अलग स्थान पर दूसरी बार मोड़ वाली लैंडिंग के प्रयास में विफल रहा।
लगभग 06:50 बजे, प्लाया लार्गा के दक्षिण में, ह्यूस्टन को एक सी फ्यूरी और एक T-33 से कई बमों और रॉकेटों द्वारा क्षतिग्रस्त कर दिया गया था, और लगभग दो घंटे बाद कप्तान लुइस मोर्स ने जानबूझकर इसे खाड़ी के पश्चिमी किनारे पर समुद्र तट पर चढ़ा दिया। लगभग 270 सैनिकों को उतार दिया गया था, लेकिन किनारे पर संघर्ष करने वाले लगभग 180 जीवित बचे लोग अपने अधिकांश हथियारों और उपकरणों के नुकसान के कारण आगे की कार्रवाई में भाग लेने में असमर्थ थे। ह्यूस्टन का नुकसान ब्रिगाडिस्टों के लिए एक बड़ा झटका था क्योंकि वह जहाज ब्रिगेड 2506 की अधिकांश चिकित्सा आपूर्ति ले जा रहा था, जिसका अर्थ था कि घायल ब्रिगाडिस्टों को अपर्याप्त चिकित्सा देखभाल के साथ काम चलाना पड़ा।
लगभग 07:00 बजे, दो आक्रमणकारी FAL B-26s ने आइल ऑफ पाइन्स के नुएवा गेरोना में क्यूबा नौसेना के गश्ती एस्कॉर्ट जहाज एल बेयर पर हमला किया और उसे डुबो दिया। फिर वे क्यूबा के जमीनी सैनिकों पर हमला करने और पैराट्रूप C-46s और हवाई हमले के तहत CEF जहाजों के लिए व्याकुलता हवाई कवर प्रदान करने के लिए दो अन्य B-26s में शामिल होने के लिए गिरोन के लिए आगे बढ़े।
लगभग 07:30 बजे, पांच C-46 और एक C-54 परिवहन विमान ने ऑपरेशन फाल्कन नामक एक कार्रवाई में ब्रिगेड 2506 की पैराशूट बटालियन से 177 पैराट्रूपर्स को गिराया। लगभग 30 लोग, भारी उपकरणों के साथ, सेंट्रल ऑस्ट्रेलिया चीनी मिल के दक्षिण में पाल्पिटे और प्लाया लार्गा जाने वाली सड़क पर गिराए गए थे, लेकिन उपकरण दलदलों में खो गए, और सैनिक सड़क को अवरुद्ध करने में विफल रहे। अन्य सैनिकों को सैन ब्लास में, कोवाडोन्गा और सैन ब्लास के बीच जोकुमा में, और यागुआरामास और सैन ब्लास के बीच होर्किटास में गिराया गया था। सड़कों को अवरुद्ध करने के लिए उन स्थितियों को दो दिनों तक बनाए रखा गया, जिन्हें प्लाया गिरोन से जमीनी सैनिकों और टैंकों द्वारा सुदृढ़ किया गया था।
लगभग 08:30 बजे, कार्लोस उलोआ अराउज़ द्वारा संचालित एक FAR सी फ्यूरी खाड़ी में दुर्घटनाग्रस्त हो गया, जिसका कारण स्टॉलिंग या विमान-रोधी गोलीबारी थी, जो पैराट्रूपर्स को गिराने के बाद दक्षिण की ओर लौट रहे एक FAL C-46 का सामना करने के बाद हुआ।
09:00 बजे तक, क्षेत्र के बाहर से क्यूबा के सैनिक और मिलिशिया सेंट्रल ऑस्ट्रेलिया चीनी मिल, कोवाडोन्गा और यागुआरामास पहुंचना शुरू हो गए थे। पूरे दिन उन्हें और अधिक सैनिकों, भारी हथियारों और आमतौर पर फ्लैट-बेड ट्रकों पर ले जाए जाने वाले T-34 टैंकों द्वारा सुदृढ़ किया गया।
लगभग 09:30 बजे, FAR सी फ्यूरीज़ और T-33s ने रियो एस्कॉन्डिडो पर रॉकेट दागे, जो फिर 'विस्फोट' के साथ डूब गया और गिरोन के दक्षिण में लगभग 3 किलोमीटर (1.9 मील) दूर जा गिरा। रियो एस्कॉन्डिडो विमानन ईंधन से लदा हुआ था और जैसे ही जहाज में आग लगी, कप्तान ने जहाज छोड़ने का आदेश दिया और उसके तुरंत बाद तीन विस्फोटों में जहाज नष्ट हो गया। रियो एस्कॉन्डिडो में न केवल ईंधन था, बल्कि दस दिनों तक चलने के लिए पर्याप्त गोला-बारूद, भोजन और चिकित्सा आपूर्ति भी थी, साथ ही वह रेडियो भी था जिसने ब्रिगेड को लिबरेशन एयर फोर्स के साथ संवाद करने की अनुमति दी थी। संचार जहाज रियो एस्कॉन्डिडो के खोने का मतलब था कि सैन रोमन केवल ब्लू बीच पर बलों को आदेश जारी करने में सक्षम थे, और उन्हें इस बात का कोई अंदाजा नहीं था कि रेड बीच पर या पैराट्रूपर्स के साथ क्या हो रहा था।
रेड बीच से एक संदेशवाहक लगभग सुबह 10:00 बजे पहुंचा और सैन रोमन से सेंट्रल ऑस्ट्रेलिया शुगर मिल से आने वाली सड़क को अवरुद्ध करने के लिए टैंक और पैदल सेना भेजने का अनुरोध किया, जिसे उन्होंने स्वीकार कर लिया। यह उम्मीद नहीं थी कि सरकारी बल इस दिशा से जवाबी हमला करेंगे।
लगभग 11:00 बजे तक, दो शेष मालवाहक जहाज कैरिब और अटलांटिको, और सीआईए एलसीआई और एलसीयू ने अंतरराष्ट्रीय जल की ओर दक्षिण में पीछे हटना शुरू कर दिया, लेकिन FAR विमानों द्वारा उनका पीछा किया जा रहा था। लगभग दोपहर में, एक FAR B-26 ब्लागर से भारी विमान-रोधी गोलाबारी के कारण विस्फोट का शिकार हो गया, और पायलट लुइस सिल्वा टबलाडा (अपनी दूसरी उड़ान पर) और उनके तीन चालक दल के सदस्य मारे गए।
दोपहर 2:30 बजे 339वीं बटालियन के मिलिशिया के एक समूह ने एक स्थान पर मोर्चा संभाला, जिस पर ब्रिगाडिस्टा M41 वॉकर बुलडॉग टैंकों ने हमला कर दिया, जिससे बचाव करने वालों को भारी नुकसान उठाना पड़ा। क्यूबा में इस घटना को "लॉस्ट बटालियन का नरसंहार" के रूप में याद किया जाता है क्योंकि अधिकांश मिलिशिया मारे गए थे।
16:00 बजे तक, फिदेल कास्त्रो सेंट्रल ऑस्ट्रेलिया शुगर मिल पहुंच गए थे, जहां वे जोस रामोन फर्नांडीज के साथ शामिल हो गए, जिन्हें उन्होंने उस दिन भोर से पहले युद्धक्षेत्र का कमांडर नियुक्त किया था।
रात 8:00 बजे, क्यूबा की सेना ने प्लाया लार्गा में ब्रिगाडिस्टा बलों पर अपनी 76.2 मिमी और 122 मिमी तोपों से गोलीबारी शुरू की, जिसके बाद लगभग आधी रात को T-34 टैंकों द्वारा हमला किया गया।
17 अप्रैल 1961 को लगभग 21:00 बजे, सैन एंटोनियो डी लॉस बानोस हवाई क्षेत्र पर तीन FAL B-26s द्वारा किया गया रात का हवाई हमला कथित तौर पर अक्षमता और खराब मौसम के कारण विफल रहा। दो अन्य B-26s ने उड़ान भरने के बाद मिशन रद्द कर दिया था। अन्य स्रोतों का आरोप है कि भारी विमान-रोधी गोलाबारी ने चालक दल को डरा दिया था। जैसे ही रात हुई, अटलांटिको और कैरिब क्यूबा से दूर चले गए, जिसके बाद ब्लागर और बारबरा जे भी वहां से निकल गए।
सीआईए और डेमोक्रेटिक रिवोल्यूशनरी फ्रंट ने निकारागुआ में 1,400-मजबूत सेना, ब्रिगेड 2506 को आधार बनाया था। 16 से 17 अप्रैल की रात को, ब्रिगेड 2506 क्यूबा के बे ऑफ पिग्स के किनारे उतरी और एक स्थानीय क्रांतिकारी मिलिशिया के साथ गोलीबारी में शामिल हो गई।
17 अप्रैल, 1961 को, 1,400 अमेरिकी-प्रशिक्षित क्यूबा के प्रवासियों ने बे ऑफ पिग्स आक्रमण के दौरान क्यूबा पर आक्रमण किया। ग्वेवारा ने लड़ाई में कोई महत्वपूर्ण भूमिका नहीं निभाई, क्योंकि आक्रमण से एक दिन पहले मरीन ले जाने वाले एक युद्धपोत ने पिनार डेल रियो के पश्चिमी तट पर एक नकली आक्रमण किया और ग्वेवारा द्वारा कमांड की गई सेनाओं को उस क्षेत्र की ओर आकर्षित किया।
17 अप्रैल 1961 को लगभग 00:00 बजे, दो CIA LCI, ब्लागर (Blagar) और बारबरा जे (Barbara J), जिनमें से प्रत्येक में एक CIA 'ऑपरेशंस ऑफिसर' और पांच गोताखोरों की एक अंडरवाटर डिमोलिशन टीम (UDT) थी, क्यूबा के दक्षिणी तट पर बे ऑफ पिग्स (Bahía de Cochinos) में प्रवेश कर गए। उन्होंने चार परिवहन जहाजों (ह्यूस्टन, रियो एस्कॉन्डिदो, कैरिब और अटलांटिको) के एक बेड़े का नेतृत्व किया, जो ब्रिगेड 2506 के लगभग 1,400 क्यूबाई निर्वासित जमीनी सैनिकों को ले जा रहे थे, साथ ही लैंडिंग क्राफ्ट में ब्रिगेड के M41 वॉकर बुलडॉग टैंक और अन्य वाहन भी थे।
16/17 अप्रैल की रात के दौरान, CIA के गुर्गों द्वारा बाहिया होंडा, पिनार डेल रियो प्रांत के पास एक नकली ध्यान भटकाने वाली लैंडिंग आयोजित की गई थी। एक फ्लोटिला जिसमें ऐसे उपकरण थे जो जहाज से आक्रमण लैंडिंग की आवाज़ और अन्य प्रभाव प्रसारित करते थे, ने क्यूबा की उन रिपोर्टों का स्रोत प्रदान किया जिन्होंने थोड़े समय के लिए फिदेल कास्त्रो को बे ऑफ पिग्स युद्ध क्षेत्र से दूर आकर्षित कर लिया था।
बे ऑफ पिग्स आक्रमण 17 अप्रैल, 1961 को शुरू हुआ।
17 अप्रैल 1961 को, ओस्वाल्डो रामिरेज़ (कास्त्रो के खिलाफ ग्रामीण प्रतिरोध के नेता) को अरोमास डी वेलाज़क्वेज़ में कास्त्रो की सेना द्वारा पकड़ लिया गया और तुरंत फांसी दे दी गई।
लगभग 01:00 बजे, युद्धक्षेत्र कमांड जहाज के रूप में ब्लागर ने प्लाया गिरोन (कोड-नाम ब्लू बीच) पर मुख्य लैंडिंग का निर्देशन किया, जिसका नेतृत्व रबर की नावों में गोताखोरों ने किया, जिसके बाद कैरिब से छोटी एल्युमीनियम नावों में सैनिक आए, और फिर M41 वॉकर बुलडॉग टैंकों के साथ LCVP और LCU आए। ह्यूस्टन का नेतृत्व कर रहे बारबरा जे ने भी इसी तरह छोटी फाइबरग्लास नावों का उपयोग करके 35 किमी उत्तर-पश्चिम में प्लाया लार्गा (कोड-नाम रेड बीच) पर सैनिकों को उतारा। रात में सैनिकों को उतारने में देरी हुई, क्योंकि इंजन खराब हो गए थे और अप्रत्याशित मूंगा चट्टानों (कोरल रीफ) के कारण नावें क्षतिग्रस्त हो गई थीं; CIA ने मूल रूप से माना था कि मूंगा चट्टान समुद्री शैवाल है। जैसे ही गोताखोर अंदर आए, वे यह देखकर हैरान रह गए कि रेड बीच फ्लडलाइट्स से जगमगा रहा था, जिसके कारण लैंडिंग का स्थान जल्दबाजी में बदलना पड़ा। जैसे ही गोताखोर उतरे, एक क्यूबाई मिलिशिया ले जा रही जीप के वहां से गुजरने पर गोलीबारी शुरू हो गई। क्षेत्र में मौजूद कुछ मिलिशिया ने पहली लैंडिंग के तुरंत बाद रेडियो के माध्यम से क्यूबाई सशस्त्र बलों को चेतावनी देने में सफलता प्राप्त की, इससे पहले कि आक्रमणकारियों ने उनके मामूली प्रतिरोध पर काबू पाया।
सुबह 5:00 बजे तक, ओलिविया ने अपने आदमियों को पीछे हटने का आदेश देना शुरू कर दिया क्योंकि उनके पास लगभग कोई गोला-बारूद या मोर्टार राउंड नहीं बचा था।
तड़के लगभग 06:30 बजे, तीन FAR सी फ्यूरी, एक B-26 बॉम्बर और दो लॉकहीड T-33 फाइटर जेट्स ने उन CEF जहाजों पर हमला करना शुरू कर दिया जो अभी भी सैनिकों को उतार रहे थे।
ब्रिगेड 2506 के M41 वॉकर बुलडॉग टैंक सुबह 7:30 बजे तक ब्लू बीच पर और सभी सैनिक 8:30 बजे तक उतर चुके थे। न तो ब्लू बीच पर सैन रोमन और न ही रेड बीच पर अर्नेइडो ओलिविया संवाद कर सकते थे क्योंकि लैंडिंग के दौरान सभी रेडियो पानी में भीग गए थे।
लगभग 11:00 बजे, क्यूबा सरकार ने सैन ब्लास लेने के लिए एक आक्रमण शुरू किया। सैन रोमन ने सैन ब्लास को बनाए रखने के लिए सभी पैराट्रूपर्स को वापस बुला लिया, और उन्होंने आक्रमण को रोक दिया। दोपहर के दौरान, कास्त्रो ने ब्रिगाडिस्टों को लगातार हवाई हमले और तोपखाने की आग के नीचे रखा, लेकिन कोई नया बड़ा हमला करने का आदेश नहीं दिया।
14:00 बजे, राष्ट्रपति कैनेडी को मॉस्को से निकिता ख्रुश्चेव का एक टेलीग्राम मिला, जिसमें कहा गया था कि रूसी अमेरिका को क्यूबा में प्रवेश नहीं करने देंगे, और चेतावनी दी कि यदि उनकी चेतावनियों पर ध्यान नहीं दिया गया तो संयुक्त राज्य अमेरिका की मुख्य भूमि पर त्वरित परमाणु प्रतिशोध होगा।
17-18 अप्रैल की रात के दौरान, रेड बीच पर मौजूद बल क्यूबा की सेना और मिलिशिया के बार-बार जवाबी हमलों की चपेट में आ गया। जैसे-जैसे हताहतों की संख्या बढ़ी और गोला-बारूद खत्म हो गया, ब्रिगाडिस्ट धीरे-धीरे पीछे हट गए। चार C-54s और 2 C-46s से एयरड्रॉप को और अधिक गोला-बारूद उतारने में केवल सीमित सफलता मिली।
जैसे ही रेड बीच से लोग गिरोन पहुँचे, सैन रोमन और ओलिविया ने स्थिति पर चर्चा करने के लिए मुलाकात की। गोला-बारूद कम होने के कारण, ओलिविया ने सुझाव दिया कि ब्रिगेड 2506 गुरिल्ला युद्ध छेड़ने के लिए एस्कम्ब्रे पहाड़ों में पीछे हट जाए, लेकिन सैन रोमन ने बीचहेड को बनाए रखने का फैसला किया।
रात 1:00 बजे, क्यूबाई सेना के पैदल सैनिकों और मिलिशिया ने आक्रमण शुरू किया। कम्युनिस्ट बलों की ओर से भारी नुकसान के बावजूद, गोला-बारूद की कमी ने ब्रिगाडिस्टों को पीछे हटने के लिए मजबूर कर दिया और T-34 टैंकों ने हमले को आगे बढ़ाने के लिए युद्धक्षेत्र के मलबे से अपना रास्ता बनाना जारी रखा।
सुबह 10 बजे, एक टैंक युद्ध छिड़ गया, जिसमें ब्रिगाडिस्ट दोपहर लगभग 2:00 बजे तक अपनी लाइन पर डटे रहे, जिसके कारण ओलिविया ने गिरोन में पीछे हटने का आदेश दिया।
18 अप्रैल को लगभग 17:00 बजे, FAL B-26s ने 12 निजी बसों के एक क्यूबाई काफिले पर हमला किया, जिसमें टैंक और अन्य बख्तरबंद वाहन ले जाने वाले ट्रक शामिल थे, जो प्लाया लार्गा और पुंटा पेरडिज़ के बीच दक्षिण-पूर्व की ओर बढ़ रहे थे। नागरिकों, मिलिशिया, पुलिस और सैनिकों से भरे वाहनों पर बम, नेपल्म और रॉकेट से हमला किया गया, जिससे भारी हताहत हुए।
18 अप्रैल की रात के दौरान, एक FAL C-46 ने ब्रिगेड 2506 के जमीनी बलों द्वारा कब्जा की गई गिरोन हवाई पट्टी पर हथियार और उपकरण पहुँचाए और 19 अप्रैल को तड़के उड़ान भरी।
18 अप्रैल को सुबह लगभग 10:30 बजे तक, T-34 टैंकों और 122 मिमी तोपखाने द्वारा समर्थित क्यूबाई सैनिकों और मिलिशिया ने प्लाया लार्गा पर कब्जा कर लिया, क्योंकि ब्रिगेड बल तड़के ही गिरोन की ओर भाग गए थे। दिन के दौरान, ब्रिगेड बल कोवाडांगा और यागुआरामस से दो सड़कों के किनारे सैन ब्लास की ओर पीछे हट गए। तब तक, फिदेल कास्त्रो और जोस रामोन फर्नांडीज दोनों उस युद्धक्षेत्र क्षेत्र में फिर से तैनात हो गए थे।
अंतिम हवाई हमलों के बाद, सैन रोमन ने अपने पैराट्रूपर्स और तीसरी बटालियन के पुरुषों को अचानक हमला शुरू करने का आदेश दिया, जो शुरू में सफल रहा, लेकिन जल्द ही विफल हो गया। ब्रिगाडिस्टों के अव्यवस्थित पीछे हटने के साथ, क्यूबाई सेना और मिलिशिया ने तेजी से आगे बढ़ना शुरू किया, सैन ब्लास पर कब्जा कर लिया, लेकिन सुबह लगभग 11 बजे गिरोन के बाहर उन्हें रोक दिया गया।
अंतिम हवाई हमले के मिशन (कोड-नाम मैड डॉग फ्लाइट) में पांच B-26 विमान शामिल थे, जिनमें से चार अमेरिकी सीआईए (CIA) अनुबंध एयरक्रू और अलबामा एयर गार्ड के स्वयंसेवी पायलटों द्वारा संचालित थे। एक FAR सी फ्यूरी (डगलस रड द्वारा संचालित) और दो FAR T-33 (राफेल डेल पिनो और अल्वारो प्रेंड्स द्वारा संचालित) ने इन B-26 विमानों में से दो को मार गिराया, जिसमें चार अमेरिकी वायुसैनिक मारे गए। कॉम्बैट एयर पेट्रोल USS एसेक्स से संचालित VA-34 स्क्वाड्रन के डगलस A4D-2N स्काईहॉक जेट द्वारा उड़ाए गए थे, जिनसे राष्ट्रीयता और अन्य निशान हटा दिए गए थे। ये उड़ानें ब्रिगेड के सैनिकों और पायलटों को आश्वस्त करने और युद्ध के कृत्यों में सीधे शामिल हुए बिना क्यूबा की सरकारी सेनाओं को डराने के लिए भरी गई थीं।
19 अप्रैल, 1961 तक, क्यूबा सरकार ने आक्रमणकारी प्रवासियों को पकड़ लिया था या मार डाला था, और कैनेडी को 1,189 बचे हुए लोगों की रिहाई के लिए बातचीत करने के लिए मजबूर होना पड़ा। बीस महीने बाद, क्यूबा ने 53 मिलियन डॉलर मूल्य के भोजन और दवाओं के बदले में पकड़े गए प्रवासियों को रिहा कर दिया।
19 अप्रैल की देर रात, विध्वंसक USS ईटन (कोड-नाम सैंटियागो) और USS मरे (कोड-नाम टैम्पिको) समुद्र तटों से पीछे हट रहे ब्रिगेड सैनिकों को निकालने के लिए कोचिनोस खाड़ी में चले गए, इससे पहले कि क्यूबा की सेना के टैंकों की गोलाबारी ने कमोडोर क्रचफील्ड को वापसी का आदेश देने के लिए मजबूर किया।
19 अप्रैल 1961 को, दो दिन के मुकदमे के बाद, पिनार डेल रियो प्रांत में कम से कम सात क्यूबन्स और दो सीआईए-नियुक्त अमेरिकी नागरिकों (एंगस के. मैकनेयर और हॉवर्ड एफ. एंडरसन) को फांसी दी गई।
20 अप्रैल को, हम्बर्टो सोरी मारिन को फोर्टालेज़ा डे ला कबाना में फांसी दी गई, जिन्हें 18 मार्च को 14 टन विस्फोटकों के साथ क्यूबा में घुसपैठ करने के बाद गिरफ्तार किया गया था। उनके साथी षड्यंत्रकारियों रोजेलियो गोंजालेज कोर्ज़ो (उपनाम "फ्रांसिस्को गुटिरेज़"), राफेल डियाज़ हैंसकॉम, यूफेमियो फर्नांडीज, आर्टुरो हर्नांडेज़ टेलाहेचे और मैनुअल लोरेंजो पुइग मियार को भी फांसी दी गई थी।
कास्त्रो ने कैप्टन जोस रामोन फर्नांडीज को जवाबी हमला शुरू करने का आदेश दिया, इससे पहले कि उन्होंने खुद इसका नियंत्रण अपने हाथ में ले लिया। आक्रमणकारियों के जहाजों पर बमबारी करने और सुदृढीकरण लाने के बाद, कास्त्रो ने 20 अप्रैल को ब्रिगेड को आत्मसमर्पण करने के लिए मजबूर कर दिया।
21 अप्रैल को, ईटन और मरे, जिनके साथ 22 अप्रैल को विध्वंसक USS कॉनवे और USS कोनी, साथ ही पनडुब्बी USS थ्रेडफिन और एक सीआईए PBY-5A कैटालिना फ्लाइंग बोट शामिल हो गए, ने तटरेखा, चट्टानों और द्वीपों पर बिखरे हुए ब्रिगेड बचे लोगों की तलाश जारी रखी, जिनमें से लगभग 24-30 लोगों को बचाया गया।
याएको साकानो, जिन्हें अक्सर याएको उएनो के रूप में जाना जाता है, 1925 में हिदेसाबुरो उएनो की मृत्यु तक लगभग 10 वर्षों तक उनकी अविवाहित साथी थीं। बताया जाता है कि जब भी वह उससे मिलने आती थीं, हाचिको उनके प्रति बहुत खुशी और स्नेह दिखाता था। याएको की मृत्यु 30 अप्रैल 1961 को 76 वर्ष की आयु में हुई और उन्हें ताइतो के एक मंदिर में दफनाया गया, जो उएनो की कब्र से काफी दूर था, बावजूद इसके कि उन्होंने अपने परिवार के सदस्यों से अपने दिवंगत साथी के साथ दफन होने का अनुरोध किया था।
क्यूबा की क्रांति की सफलता के तुरंत बाद, नई सरकार को उखाड़ फेंकने के प्रयास में उग्रवादी प्रति-क्रांतिकारी समूह विकसित हुए। सरकारी बलों के खिलाफ सशस्त्र हमले किए गए। 3 अप्रैल 1961 को, बायामो में मिलिशिया बैरकों पर एक बम हमले में चार मिलिशिया मारे गए और आठ अन्य घायल हो गए।
4 अप्रैल 1961 को, राष्ट्रपति कैनेडी ने बे ऑफ पिग्स योजना (जिसे ऑपरेशन ज़पाटा के नाम से भी जाना जाता है) को मंजूरी दी, क्योंकि इसमें पर्याप्त लंबा हवाई क्षेत्र था, यह त्रिनिदाद योजना की तुलना में नागरिकों के बड़े समूहों से दूर था, और यह सैन्य रूप से कम "शोर" वाला था, जिससे प्रत्यक्ष अमेरिकी भागीदारी से इनकार करना अधिक विश्वसनीय हो जाता। आक्रमण लैंडिंग क्षेत्र को लास विलास प्रांत में बाहिया डी कोचिनोस (बे ऑफ पिग्स) की सीमा से लगे समुद्र तटों पर बदल दिया गया था।
आइजनहावर प्रशासन ने क्यूबा में फिदेल कास्त्रो के शासन को उखाड़ फेंकने के लिए एक योजना बनाई थी। सेंट्रल इंटेलिजेंस एजेंसी (CIA) के नेतृत्व में, अमेरिकी सेना की मदद से, यह योजना अमेरिकी-प्रशिक्षित, कास्त्रो-विरोधी क्यूबाई प्रवासियों द्वारा क्यूबा पर आक्रमण करने की थी, जिसका नेतृत्व CIA के अर्धसैनिक अधिकारी कर रहे थे। इरादा क्यूबा पर आक्रमण करना और क्यूबा के लोगों के बीच विद्रोह भड़काना था, ताकि कास्त्रो को सत्ता से हटाया जा सके। कैनेडी ने 4 अप्रैल, 1961 को अंतिम आक्रमण योजना को मंजूरी दी।
9 अप्रैल 1961 को, ब्रिगेड 2506 के कर्मियों, जहाजों और विमानों ने ग्वाटेमाला से प्यूर्टो काबेज़स में स्थानांतरण शुरू किया। कर्टिस C-46 का उपयोग रेटालहुलेउ और प्यूर्टो काबेज़स में एक CIA बेस (कोड-नाम JMTide, उर्फ हैप्पी वैली) के बीच परिवहन के लिए भी किया गया था।
क्यूबा के सुरक्षा तंत्र को अपने व्यापक गुप्त खुफिया नेटवर्क के माध्यम से पता था कि आक्रमण होने वाला है। फिर भी, आक्रमण से कुछ दिन पहले, तोड़फोड़ के कई कृत्य किए गए, जैसे कि एल एनकैंटो आग, 13 अप्रैल को हवाना के एक डिपार्टमेंट स्टोर में आगजनी का हमला जिसमें एक दुकान कर्मचारी की मौत हो गई।
अंधेरे की आड़ में, आक्रमण बेड़े ने 14 अप्रैल की रात को प्यूर्टो काबेज़स, निकारागुआ से प्रस्थान किया और बे ऑफ पिग्स की ओर बढ़ गया।
क्यूबा के हवाई क्षेत्रों पर हमला करने के लिए प्यूर्टो काबेज़स से आठ B-26 के उड़ान भरने के लगभग 90 मिनट बाद, एक और B-26 एक धोखाधड़ी वाली उड़ान पर रवाना हुआ जो इसे क्यूबा के करीब ले गई लेकिन उत्तर की ओर फ्लोरिडा की ओर मुड़ गई। बमवर्षक समूहों की तरह, इसमें गलत FAR चिह्न थे और वही संख्या 933 थी जो कम से कम दो अन्य पर चित्रित थी। प्रस्थान से पहले, विमान के दो इंजनों में से एक का काउलिंग CIA कर्मियों द्वारा हटा दिया गया, उस पर गोली चलाई गई, फिर वापस लगा दिया गया ताकि यह गलत आभास दिया जा सके कि विमान को अपनी उड़ान के दौरान किसी बिंदु पर जमीनी आग का सामना करना पड़ा था। क्यूबा के उत्तर में एक सुरक्षित दूरी पर, पायलट ने काउलिंग में पहले से लगे बुलेट छेदों वाले इंजन को बंद कर दिया, एक मेडे कॉल रेडियो की, और मियामी अंतर्राष्ट्रीय हवाई अड्डे पर उतरने के लिए तत्काल अनुमति का अनुरोध किया। वह उतरा और हवाई अड्डे के सैन्य क्षेत्र में एक वायु सेना C-47 के पास टैक्सी की और कई सरकारी कारों द्वारा उसका स्वागत किया गया। पायलट मारियो ज़ुनिगा था, जो पहले FAEC (बतिस्ता के तहत क्यूबा वायु सेना) का था, और उतरने के बाद, उसने 'जुआन गार्सिया' का स्वांग रचा और सार्वजनिक रूप से दावा किया कि तीन सहयोगियों ने भी FAR से दलबदल किया है।
15 अप्रैल को, सीआईए द्वारा आपूर्ति किए गए बी-26 विमानों ने तीन क्यूबाई सैन्य हवाई क्षेत्रों पर बमबारी की; अमेरिका ने घोषणा की कि अपराधी क्यूबाई वायु सेना के दलबदलू पायलट थे, लेकिन कास्त्रो ने इन दावों को गलत सूचना (फॉल्स फ्लैग मिसइन्फॉर्मेशन) के रूप में उजागर किया।
15 अप्रैल को, एफ़िजेनियो अमेइजेरस के नेतृत्व में क्यूबा की राष्ट्रीय पुलिस ने हजारों संदिग्ध क्रांतिकारी-विरोधी व्यक्तियों को गिरफ्तार करने और उन्हें हवाना में कार्ल मार्क्स थिएटर, फोर्टालेज़ा डे ला कबाना की खाई और प्रिंसिपे कैसल, और मटान्ज़स में बेसबॉल पार्क जैसे अस्थायी स्थानों में हिरासत में लेने की प्रक्रिया शुरू की।
14/15 अप्रैल की रात के दौरान, हिगिनियो 'निनो' डियाज़ की कमान में लगभग 164 क्यूबा के निर्वासितों द्वारा बाराकोआ, ओरिएंट प्रांत के पास एक मोड़ वाली लैंडिंग की योजना बनाई गई थी। टोही नावें जहाज पर वापस लौट आईं जब उनके चालक दल ने तटरेखा के साथ क्यूबा के मिलिशिया बलों की गतिविधियों का पता लगाया। उन गतिविधियों के परिणामस्वरूप, दिन के उजाले में, सैंटियागो डी क्यूबा से बाराकोआ क्षेत्र के ऊपर एक टोही उड़ान शुरू की गई। वह एक FAR (Fuerza Aérea Revolucionaria) (क्यूबा वायु सेना) T-33 था, जिसे लेफ्टिनेंट ओरेस्टेस एकोस्टा उड़ा रहे थे, और वह दुर्घटनाग्रस्त होकर समुद्र में गिर गया।
15 अप्रैल 1961 को, क्यूबा के स्थानीय समयानुसार सुबह लगभग 06:00 बजे, तीन समूहों में आठ डगलस B-26B इनवेडर बमवर्षकों ने एक साथ सैन एंटोनियो डी लॉस बानोस और स्यूदाद लिबर्टाड (पूर्व में कैंपो कोलंबिया नाम) में तीन क्यूबा हवाई क्षेत्रों पर हमला किया, जो दोनों हवाना के पास थे, साथ ही सैंटियागो डी क्यूबा में एंटोनियो मैसेओ अंतर्राष्ट्रीय हवाई अड्डे पर भी हमला किया।
15 अप्रैल को सुबह 10:30 बजे संयुक्त राष्ट्र में, क्यूबा के विदेश मंत्री राउल रोआ ने अमेरिका पर क्यूबा के खिलाफ आक्रामक हवाई हमलों का आरोप लगाया, और उस दोपहर औपचारिक रूप से संयुक्त राष्ट्र महासभा की राजनीतिक (प्रथम) समिति में एक प्रस्ताव पेश किया। केवल कुछ दिन पहले, CIA ने राउल रोआ को दलबदल करने के लिए लुभाने का असफल प्रयास किया था।
16 अप्रैल को, मेरार्डो लियोन, जोस लियोन और 14 अन्य लोगों ने लास विलास में लास डेलिसियास एस्टेट में एक सशस्त्र विद्रोह किया, जिसमें केवल चार लोग जीवित बचे। लियोनेल मार्टिनेज और तीन अन्य ग्रामीण इलाकों में चले गए।
16 अप्रैल की देर रात, CIA/ब्रिगेड 2506 का आक्रमण बेड़ा क्यूबा से लगभग 65 किलोमीटर (40 मील) दक्षिण में 'रेंडेज़वस पॉइंट ज़ुलु' पर एकत्रित हुआ, जो निकारागुआ के प्यूर्टो कैबेज़स से रवाना हुआ था, जहाँ उन्हें न्यू ऑरलियन्स में हथियार और आपूर्ति लोड करने के बाद सैनिकों और अन्य सामग्री के साथ लोड किया गया था।
15/16 अप्रैल की रात को, निनो डियाज़ समूह बाराकोआ के पास एक अलग स्थान पर दूसरी बार मोड़ वाली लैंडिंग के प्रयास में विफल रहा।
लगभग 06:50 बजे, प्लाया लार्गा के दक्षिण में, ह्यूस्टन को एक सी फ्यूरी और एक T-33 से कई बमों और रॉकेटों द्वारा क्षतिग्रस्त कर दिया गया था, और लगभग दो घंटे बाद कप्तान लुइस मोर्स ने जानबूझकर इसे खाड़ी के पश्चिमी किनारे पर समुद्र तट पर चढ़ा दिया। लगभग 270 सैनिकों को उतार दिया गया था, लेकिन किनारे पर संघर्ष करने वाले लगभग 180 जीवित बचे लोग अपने अधिकांश हथियारों और उपकरणों के नुकसान के कारण आगे की कार्रवाई में भाग लेने में असमर्थ थे। ह्यूस्टन का नुकसान ब्रिगाडिस्टों के लिए एक बड़ा झटका था क्योंकि वह जहाज ब्रिगेड 2506 की अधिकांश चिकित्सा आपूर्ति ले जा रहा था, जिसका अर्थ था कि घायल ब्रिगाडिस्टों को अपर्याप्त चिकित्सा देखभाल के साथ काम चलाना पड़ा।
लगभग 07:00 बजे, दो आक्रमणकारी FAL B-26s ने आइल ऑफ पाइन्स के नुएवा गेरोना में क्यूबा नौसेना के गश्ती एस्कॉर्ट जहाज एल बेयर पर हमला किया और उसे डुबो दिया। फिर वे क्यूबा के जमीनी सैनिकों पर हमला करने और पैराट्रूप C-46s और हवाई हमले के तहत CEF जहाजों के लिए व्याकुलता हवाई कवर प्रदान करने के लिए दो अन्य B-26s में शामिल होने के लिए गिरोन के लिए आगे बढ़े।
लगभग 07:30 बजे, पांच C-46 और एक C-54 परिवहन विमान ने ऑपरेशन फाल्कन नामक एक कार्रवाई में ब्रिगेड 2506 की पैराशूट बटालियन से 177 पैराट्रूपर्स को गिराया। लगभग 30 लोग, भारी उपकरणों के साथ, सेंट्रल ऑस्ट्रेलिया चीनी मिल के दक्षिण में पाल्पिटे और प्लाया लार्गा जाने वाली सड़क पर गिराए गए थे, लेकिन उपकरण दलदलों में खो गए, और सैनिक सड़क को अवरुद्ध करने में विफल रहे। अन्य सैनिकों को सैन ब्लास में, कोवाडोन्गा और सैन ब्लास के बीच जोकुमा में, और यागुआरामास और सैन ब्लास के बीच होर्किटास में गिराया गया था। सड़कों को अवरुद्ध करने के लिए उन स्थितियों को दो दिनों तक बनाए रखा गया, जिन्हें प्लाया गिरोन से जमीनी सैनिकों और टैंकों द्वारा सुदृढ़ किया गया था।
लगभग 08:30 बजे, कार्लोस उलोआ अराउज़ द्वारा संचालित एक FAR सी फ्यूरी खाड़ी में दुर्घटनाग्रस्त हो गया, जिसका कारण स्टॉलिंग या विमान-रोधी गोलीबारी थी, जो पैराट्रूपर्स को गिराने के बाद दक्षिण की ओर लौट रहे एक FAL C-46 का सामना करने के बाद हुआ।
09:00 बजे तक, क्षेत्र के बाहर से क्यूबा के सैनिक और मिलिशिया सेंट्रल ऑस्ट्रेलिया चीनी मिल, कोवाडोन्गा और यागुआरामास पहुंचना शुरू हो गए थे। पूरे दिन उन्हें और अधिक सैनिकों, भारी हथियारों और आमतौर पर फ्लैट-बेड ट्रकों पर ले जाए जाने वाले T-34 टैंकों द्वारा सुदृढ़ किया गया।
लगभग 09:30 बजे, FAR सी फ्यूरीज़ और T-33s ने रियो एस्कॉन्डिडो पर रॉकेट दागे, जो फिर 'विस्फोट' के साथ डूब गया और गिरोन के दक्षिण में लगभग 3 किलोमीटर (1.9 मील) दूर जा गिरा। रियो एस्कॉन्डिडो विमानन ईंधन से लदा हुआ था और जैसे ही जहाज में आग लगी, कप्तान ने जहाज छोड़ने का आदेश दिया और उसके तुरंत बाद तीन विस्फोटों में जहाज नष्ट हो गया। रियो एस्कॉन्डिडो में न केवल ईंधन था, बल्कि दस दिनों तक चलने के लिए पर्याप्त गोला-बारूद, भोजन और चिकित्सा आपूर्ति भी थी, साथ ही वह रेडियो भी था जिसने ब्रिगेड को लिबरेशन एयर फोर्स के साथ संवाद करने की अनुमति दी थी। संचार जहाज रियो एस्कॉन्डिडो के खोने का मतलब था कि सैन रोमन केवल ब्लू बीच पर बलों को आदेश जारी करने में सक्षम थे, और उन्हें इस बात का कोई अंदाजा नहीं था कि रेड बीच पर या पैराट्रूपर्स के साथ क्या हो रहा था।
रेड बीच से एक संदेशवाहक लगभग सुबह 10:00 बजे पहुंचा और सैन रोमन से सेंट्रल ऑस्ट्रेलिया शुगर मिल से आने वाली सड़क को अवरुद्ध करने के लिए टैंक और पैदल सेना भेजने का अनुरोध किया, जिसे उन्होंने स्वीकार कर लिया। यह उम्मीद नहीं थी कि सरकारी बल इस दिशा से जवाबी हमला करेंगे।
लगभग 11:00 बजे तक, दो शेष मालवाहक जहाज कैरिब और अटलांटिको, और सीआईए एलसीआई और एलसीयू ने अंतरराष्ट्रीय जल की ओर दक्षिण में पीछे हटना शुरू कर दिया, लेकिन FAR विमानों द्वारा उनका पीछा किया जा रहा था। लगभग दोपहर में, एक FAR B-26 ब्लागर से भारी विमान-रोधी गोलाबारी के कारण विस्फोट का शिकार हो गया, और पायलट लुइस सिल्वा टबलाडा (अपनी दूसरी उड़ान पर) और उनके तीन चालक दल के सदस्य मारे गए।
दोपहर 2:30 बजे 339वीं बटालियन के मिलिशिया के एक समूह ने एक स्थान पर मोर्चा संभाला, जिस पर ब्रिगाडिस्टा M41 वॉकर बुलडॉग टैंकों ने हमला कर दिया, जिससे बचाव करने वालों को भारी नुकसान उठाना पड़ा। क्यूबा में इस घटना को "लॉस्ट बटालियन का नरसंहार" के रूप में याद किया जाता है क्योंकि अधिकांश मिलिशिया मारे गए थे।
16:00 बजे तक, फिदेल कास्त्रो सेंट्रल ऑस्ट्रेलिया शुगर मिल पहुंच गए थे, जहां वे जोस रामोन फर्नांडीज के साथ शामिल हो गए, जिन्हें उन्होंने उस दिन भोर से पहले युद्धक्षेत्र का कमांडर नियुक्त किया था।
रात 8:00 बजे, क्यूबा की सेना ने प्लाया लार्गा में ब्रिगाडिस्टा बलों पर अपनी 76.2 मिमी और 122 मिमी तोपों से गोलीबारी शुरू की, जिसके बाद लगभग आधी रात को T-34 टैंकों द्वारा हमला किया गया।
17 अप्रैल 1961 को लगभग 21:00 बजे, सैन एंटोनियो डी लॉस बानोस हवाई क्षेत्र पर तीन FAL B-26s द्वारा किया गया रात का हवाई हमला कथित तौर पर अक्षमता और खराब मौसम के कारण विफल रहा। दो अन्य B-26s ने उड़ान भरने के बाद मिशन रद्द कर दिया था। अन्य स्रोतों का आरोप है कि भारी विमान-रोधी गोलाबारी ने चालक दल को डरा दिया था। जैसे ही रात हुई, अटलांटिको और कैरिब क्यूबा से दूर चले गए, जिसके बाद ब्लागर और बारबरा जे भी वहां से निकल गए।
सीआईए और डेमोक्रेटिक रिवोल्यूशनरी फ्रंट ने निकारागुआ में 1,400-मजबूत सेना, ब्रिगेड 2506 को आधार बनाया था। 16 से 17 अप्रैल की रात को, ब्रिगेड 2506 क्यूबा के बे ऑफ पिग्स के किनारे उतरी और एक स्थानीय क्रांतिकारी मिलिशिया के साथ गोलीबारी में शामिल हो गई।
17 अप्रैल, 1961 को, 1,400 अमेरिकी-प्रशिक्षित क्यूबा के प्रवासियों ने बे ऑफ पिग्स आक्रमण के दौरान क्यूबा पर आक्रमण किया। ग्वेवारा ने लड़ाई में कोई महत्वपूर्ण भूमिका नहीं निभाई, क्योंकि आक्रमण से एक दिन पहले मरीन ले जाने वाले एक युद्धपोत ने पिनार डेल रियो के पश्चिमी तट पर एक नकली आक्रमण किया और ग्वेवारा द्वारा कमांड की गई सेनाओं को उस क्षेत्र की ओर आकर्षित किया।
17 अप्रैल 1961 को लगभग 00:00 बजे, दो CIA LCI, ब्लागर (Blagar) और बारबरा जे (Barbara J), जिनमें से प्रत्येक में एक CIA 'ऑपरेशंस ऑफिसर' और पांच गोताखोरों की एक अंडरवाटर डिमोलिशन टीम (UDT) थी, क्यूबा के दक्षिणी तट पर बे ऑफ पिग्स (Bahía de Cochinos) में प्रवेश कर गए। उन्होंने चार परिवहन जहाजों (ह्यूस्टन, रियो एस्कॉन्डिदो, कैरिब और अटलांटिको) के एक बेड़े का नेतृत्व किया, जो ब्रिगेड 2506 के लगभग 1,400 क्यूबाई निर्वासित जमीनी सैनिकों को ले जा रहे थे, साथ ही लैंडिंग क्राफ्ट में ब्रिगेड के M41 वॉकर बुलडॉग टैंक और अन्य वाहन भी थे।
16/17 अप्रैल की रात के दौरान, CIA के गुर्गों द्वारा बाहिया होंडा, पिनार डेल रियो प्रांत के पास एक नकली ध्यान भटकाने वाली लैंडिंग आयोजित की गई थी। एक फ्लोटिला जिसमें ऐसे उपकरण थे जो जहाज से आक्रमण लैंडिंग की आवाज़ और अन्य प्रभाव प्रसारित करते थे, ने क्यूबा की उन रिपोर्टों का स्रोत प्रदान किया जिन्होंने थोड़े समय के लिए फिदेल कास्त्रो को बे ऑफ पिग्स युद्ध क्षेत्र से दूर आकर्षित कर लिया था।
बे ऑफ पिग्स आक्रमण 17 अप्रैल, 1961 को शुरू हुआ।
17 अप्रैल 1961 को, ओस्वाल्डो रामिरेज़ (कास्त्रो के खिलाफ ग्रामीण प्रतिरोध के नेता) को अरोमास डी वेलाज़क्वेज़ में कास्त्रो की सेना द्वारा पकड़ लिया गया और तुरंत फांसी दे दी गई।
लगभग 01:00 बजे, युद्धक्षेत्र कमांड जहाज के रूप में ब्लागर ने प्लाया गिरोन (कोड-नाम ब्लू बीच) पर मुख्य लैंडिंग का निर्देशन किया, जिसका नेतृत्व रबर की नावों में गोताखोरों ने किया, जिसके बाद कैरिब से छोटी एल्युमीनियम नावों में सैनिक आए, और फिर M41 वॉकर बुलडॉग टैंकों के साथ LCVP और LCU आए। ह्यूस्टन का नेतृत्व कर रहे बारबरा जे ने भी इसी तरह छोटी फाइबरग्लास नावों का उपयोग करके 35 किमी उत्तर-पश्चिम में प्लाया लार्गा (कोड-नाम रेड बीच) पर सैनिकों को उतारा। रात में सैनिकों को उतारने में देरी हुई, क्योंकि इंजन खराब हो गए थे और अप्रत्याशित मूंगा चट्टानों (कोरल रीफ) के कारण नावें क्षतिग्रस्त हो गई थीं; CIA ने मूल रूप से माना था कि मूंगा चट्टान समुद्री शैवाल है। जैसे ही गोताखोर अंदर आए, वे यह देखकर हैरान रह गए कि रेड बीच फ्लडलाइट्स से जगमगा रहा था, जिसके कारण लैंडिंग का स्थान जल्दबाजी में बदलना पड़ा। जैसे ही गोताखोर उतरे, एक क्यूबाई मिलिशिया ले जा रही जीप के वहां से गुजरने पर गोलीबारी शुरू हो गई। क्षेत्र में मौजूद कुछ मिलिशिया ने पहली लैंडिंग के तुरंत बाद रेडियो के माध्यम से क्यूबाई सशस्त्र बलों को चेतावनी देने में सफलता प्राप्त की, इससे पहले कि आक्रमणकारियों ने उनके मामूली प्रतिरोध पर काबू पाया।
सुबह 5:00 बजे तक, ओलिविया ने अपने आदमियों को पीछे हटने का आदेश देना शुरू कर दिया क्योंकि उनके पास लगभग कोई गोला-बारूद या मोर्टार राउंड नहीं बचा था।
तड़के लगभग 06:30 बजे, तीन FAR सी फ्यूरी, एक B-26 बॉम्बर और दो लॉकहीड T-33 फाइटर जेट्स ने उन CEF जहाजों पर हमला करना शुरू कर दिया जो अभी भी सैनिकों को उतार रहे थे।
ब्रिगेड 2506 के M41 वॉकर बुलडॉग टैंक सुबह 7:30 बजे तक ब्लू बीच पर और सभी सैनिक 8:30 बजे तक उतर चुके थे। न तो ब्लू बीच पर सैन रोमन और न ही रेड बीच पर अर्नेइडो ओलिविया संवाद कर सकते थे क्योंकि लैंडिंग के दौरान सभी रेडियो पानी में भीग गए थे।
लगभग 11:00 बजे, क्यूबा सरकार ने सैन ब्लास लेने के लिए एक आक्रमण शुरू किया। सैन रोमन ने सैन ब्लास को बनाए रखने के लिए सभी पैराट्रूपर्स को वापस बुला लिया, और उन्होंने आक्रमण को रोक दिया। दोपहर के दौरान, कास्त्रो ने ब्रिगाडिस्टों को लगातार हवाई हमले और तोपखाने की आग के नीचे रखा, लेकिन कोई नया बड़ा हमला करने का आदेश नहीं दिया।
14:00 बजे, राष्ट्रपति कैनेडी को मॉस्को से निकिता ख्रुश्चेव का एक टेलीग्राम मिला, जिसमें कहा गया था कि रूसी अमेरिका को क्यूबा में प्रवेश नहीं करने देंगे, और चेतावनी दी कि यदि उनकी चेतावनियों पर ध्यान नहीं दिया गया तो संयुक्त राज्य अमेरिका की मुख्य भूमि पर त्वरित परमाणु प्रतिशोध होगा।
17-18 अप्रैल की रात के दौरान, रेड बीच पर मौजूद बल क्यूबा की सेना और मिलिशिया के बार-बार जवाबी हमलों की चपेट में आ गया। जैसे-जैसे हताहतों की संख्या बढ़ी और गोला-बारूद खत्म हो गया, ब्रिगाडिस्ट धीरे-धीरे पीछे हट गए। चार C-54s और 2 C-46s से एयरड्रॉप को और अधिक गोला-बारूद उतारने में केवल सीमित सफलता मिली।
जैसे ही रेड बीच से लोग गिरोन पहुँचे, सैन रोमन और ओलिविया ने स्थिति पर चर्चा करने के लिए मुलाकात की। गोला-बारूद कम होने के कारण, ओलिविया ने सुझाव दिया कि ब्रिगेड 2506 गुरिल्ला युद्ध छेड़ने के लिए एस्कम्ब्रे पहाड़ों में पीछे हट जाए, लेकिन सैन रोमन ने बीचहेड को बनाए रखने का फैसला किया।
रात 1:00 बजे, क्यूबाई सेना के पैदल सैनिकों और मिलिशिया ने आक्रमण शुरू किया। कम्युनिस्ट बलों की ओर से भारी नुकसान के बावजूद, गोला-बारूद की कमी ने ब्रिगाडिस्टों को पीछे हटने के लिए मजबूर कर दिया और T-34 टैंकों ने हमले को आगे बढ़ाने के लिए युद्धक्षेत्र के मलबे से अपना रास्ता बनाना जारी रखा।
सुबह 10 बजे, एक टैंक युद्ध छिड़ गया, जिसमें ब्रिगाडिस्ट दोपहर लगभग 2:00 बजे तक अपनी लाइन पर डटे रहे, जिसके कारण ओलिविया ने गिरोन में पीछे हटने का आदेश दिया।
18 अप्रैल को लगभग 17:00 बजे, FAL B-26s ने 12 निजी बसों के एक क्यूबाई काफिले पर हमला किया, जिसमें टैंक और अन्य बख्तरबंद वाहन ले जाने वाले ट्रक शामिल थे, जो प्लाया लार्गा और पुंटा पेरडिज़ के बीच दक्षिण-पूर्व की ओर बढ़ रहे थे। नागरिकों, मिलिशिया, पुलिस और सैनिकों से भरे वाहनों पर बम, नेपल्म और रॉकेट से हमला किया गया, जिससे भारी हताहत हुए।
18 अप्रैल की रात के दौरान, एक FAL C-46 ने ब्रिगेड 2506 के जमीनी बलों द्वारा कब्जा की गई गिरोन हवाई पट्टी पर हथियार और उपकरण पहुँचाए और 19 अप्रैल को तड़के उड़ान भरी।
18 अप्रैल को सुबह लगभग 10:30 बजे तक, T-34 टैंकों और 122 मिमी तोपखाने द्वारा समर्थित क्यूबाई सैनिकों और मिलिशिया ने प्लाया लार्गा पर कब्जा कर लिया, क्योंकि ब्रिगेड बल तड़के ही गिरोन की ओर भाग गए थे। दिन के दौरान, ब्रिगेड बल कोवाडांगा और यागुआरामस से दो सड़कों के किनारे सैन ब्लास की ओर पीछे हट गए। तब तक, फिदेल कास्त्रो और जोस रामोन फर्नांडीज दोनों उस युद्धक्षेत्र क्षेत्र में फिर से तैनात हो गए थे।
अंतिम हवाई हमलों के बाद, सैन रोमन ने अपने पैराट्रूपर्स और तीसरी बटालियन के पुरुषों को अचानक हमला शुरू करने का आदेश दिया, जो शुरू में सफल रहा, लेकिन जल्द ही विफल हो गया। ब्रिगाडिस्टों के अव्यवस्थित पीछे हटने के साथ, क्यूबाई सेना और मिलिशिया ने तेजी से आगे बढ़ना शुरू किया, सैन ब्लास पर कब्जा कर लिया, लेकिन सुबह लगभग 11 बजे गिरोन के बाहर उन्हें रोक दिया गया।
अंतिम हवाई हमले के मिशन (कोड-नाम मैड डॉग फ्लाइट) में पांच B-26 विमान शामिल थे, जिनमें से चार अमेरिकी सीआईए (CIA) अनुबंध एयरक्रू और अलबामा एयर गार्ड के स्वयंसेवी पायलटों द्वारा संचालित थे। एक FAR सी फ्यूरी (डगलस रड द्वारा संचालित) और दो FAR T-33 (राफेल डेल पिनो और अल्वारो प्रेंड्स द्वारा संचालित) ने इन B-26 विमानों में से दो को मार गिराया, जिसमें चार अमेरिकी वायुसैनिक मारे गए। कॉम्बैट एयर पेट्रोल USS एसेक्स से संचालित VA-34 स्क्वाड्रन के डगलस A4D-2N स्काईहॉक जेट द्वारा उड़ाए गए थे, जिनसे राष्ट्रीयता और अन्य निशान हटा दिए गए थे। ये उड़ानें ब्रिगेड के सैनिकों और पायलटों को आश्वस्त करने और युद्ध के कृत्यों में सीधे शामिल हुए बिना क्यूबा की सरकारी सेनाओं को डराने के लिए भरी गई थीं।
19 अप्रैल, 1961 तक, क्यूबा सरकार ने आक्रमणकारी प्रवासियों को पकड़ लिया था या मार डाला था, और कैनेडी को 1,189 बचे हुए लोगों की रिहाई के लिए बातचीत करने के लिए मजबूर होना पड़ा। बीस महीने बाद, क्यूबा ने 53 मिलियन डॉलर मूल्य के भोजन और दवाओं के बदले में पकड़े गए प्रवासियों को रिहा कर दिया।
19 अप्रैल की देर रात, विध्वंसक USS ईटन (कोड-नाम सैंटियागो) और USS मरे (कोड-नाम टैम्पिको) समुद्र तटों से पीछे हट रहे ब्रिगेड सैनिकों को निकालने के लिए कोचिनोस खाड़ी में चले गए, इससे पहले कि क्यूबा की सेना के टैंकों की गोलाबारी ने कमोडोर क्रचफील्ड को वापसी का आदेश देने के लिए मजबूर किया।
19 अप्रैल 1961 को, दो दिन के मुकदमे के बाद, पिनार डेल रियो प्रांत में कम से कम सात क्यूबन्स और दो सीआईए-नियुक्त अमेरिकी नागरिकों (एंगस के. मैकनेयर और हॉवर्ड एफ. एंडरसन) को फांसी दी गई।
20 अप्रैल को, हम्बर्टो सोरी मारिन को फोर्टालेज़ा डे ला कबाना में फांसी दी गई, जिन्हें 18 मार्च को 14 टन विस्फोटकों के साथ क्यूबा में घुसपैठ करने के बाद गिरफ्तार किया गया था। उनके साथी षड्यंत्रकारियों रोजेलियो गोंजालेज कोर्ज़ो (उपनाम "फ्रांसिस्को गुटिरेज़"), राफेल डियाज़ हैंसकॉम, यूफेमियो फर्नांडीज, आर्टुरो हर्नांडेज़ टेलाहेचे और मैनुअल लोरेंजो पुइग मियार को भी फांसी दी गई थी।
कास्त्रो ने कैप्टन जोस रामोन फर्नांडीज को जवाबी हमला शुरू करने का आदेश दिया, इससे पहले कि उन्होंने खुद इसका नियंत्रण अपने हाथ में ले लिया। आक्रमणकारियों के जहाजों पर बमबारी करने और सुदृढीकरण लाने के बाद, कास्त्रो ने 20 अप्रैल को ब्रिगेड को आत्मसमर्पण करने के लिए मजबूर कर दिया।
21 अप्रैल को, ईटन और मरे, जिनके साथ 22 अप्रैल को विध्वंसक USS कॉनवे और USS कोनी, साथ ही पनडुब्बी USS थ्रेडफिन और एक सीआईए PBY-5A कैटालिना फ्लाइंग बोट शामिल हो गए, ने तटरेखा, चट्टानों और द्वीपों पर बिखरे हुए ब्रिगेड बचे लोगों की तलाश जारी रखी, जिनमें से लगभग 24-30 लोगों को बचाया गया।
याएको साकानो, जिन्हें अक्सर याएको उएनो के रूप में जाना जाता है, 1925 में हिदेसाबुरो उएनो की मृत्यु तक लगभग 10 वर्षों तक उनकी अविवाहित साथी थीं। बताया जाता है कि जब भी वह उससे मिलने आती थीं, हाचिको उनके प्रति बहुत खुशी और स्नेह दिखाता था। याएको की मृत्यु 30 अप्रैल 1961 को 76 वर्ष की आयु में हुई और उन्हें ताइतो के एक मंदिर में दफनाया गया, जो उएनो की कब्र से काफी दूर था, बावजूद इसके कि उन्होंने अपने परिवार के सदस्यों से अपने दिवंगत साथी के साथ दफन होने का अनुरोध किया था।
