मार्टिन लूथर ने उस आंदोलन की शुरुआत की जिसे बाद में सुधार (Reformation) के रूप में जाना गया

अपनी स्पेनिश और जर्मन विरासतों के बीच संघर्षों के अलावा, धर्म के संघर्ष चार्ल्स पंचम के शासनकाल के दौरान तनाव का एक और स्रोत होंगे। पवित्र रोमन साम्राज्य में चार्ल्स का शासन शुरू होने से पहले, 1517 में, मार्टिन लूथर ने वह शुरू किया जिसे बाद में सुधार (Reformation) के रूप में जाना गया। उस समय, कई स्थानीय ड्यूक ने इसे सम्राट चार्ल्स पंचम के आधिपत्य का विरोध करने के एक अवसर के रूप में देखा। तब साम्राज्य धार्मिक आधार पर घातक रूप से विभाजित हो गया, जिसमें उत्तर, पूर्व और कई प्रमुख शहर - स्ट्रासबर्ग, फ्रैंकफर्ट और नूर्नबर्ग - प्रोटेस्टेंट बन गए, जबकि दक्षिणी और पश्चिमी क्षेत्र काफी हद तक कैथोलिक बने रहे।

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