Bach fu assente per circa quattro mesi
Nonostante i forti legami familiari e un datore di lavoro entusiasta della musica, dopo diversi anni nel posto si creò tensione tra Bach e le autorità. Bach era insoddisfatto del livello dei cantanti nel coro. Chiamò uno di loro "Zippel Fagottist" (fagottista da strapazzo). Una sera tardi questo studente, di nome Geyersbach, inseguì Bach con un bastone. Bach presentò una denuncia contro Geyersbach alle autorità. Queste assolsero Geyersbach con un lieve rimprovero e ordinarono a Bach di essere più moderato riguardo alle qualità musicali che si aspettava dai suoi studenti. Alcuni mesi dopo, Bach contrariò il suo datore di lavoro con una prolungata assenza da Arnstadt: dopo aver ottenuto un permesso di quattro settimane, rimase assente per circa quattro mesi nel 1705–1706 per visitare l'organista e compositore Dieterich Buxtehude nella città settentrionale di Lubecca. La visita a Buxtehude comportò un viaggio di 450 chilometri (280 miglia) per tratta, secondo quanto riferito, a piedi.