Lincoln sostituì il Segretario alla Guerra Simon Cameron con Edwin Stanton
Lincoln monitorava meticolosamente i rapporti telegrafici che arrivavano al Dipartimento della Guerra. Seguiva tutte le fasi dello sforzo, consultandosi con i governatori e selezionando i generali in base al loro successo, al loro stato e al loro partito. Nel gennaio 1862, dopo le lamentele per l'inefficienza e la speculazione nel Dipartimento della Guerra, Lincoln sostituì il Segretario alla Guerra Simon Cameron con Edwin Stanton. Stanton centralizzò le attività del Dipartimento della Guerra, controllando e annullando i contratti, facendo risparmiare al governo federale 17.000.000 di dollari.
