アル＝ハーキムは最終的に、イスラム教への改宗を望まなかったキリスト教徒とユダヤ教徒が元の信仰に戻り、破壊された礼拝所を再建することを許可した。実際、1012年から1021年にかけて、アル＝ハーキムはユダヤ教徒とキリスト教徒に対してより寛容になり、スンナ派に対しては敵対的になった。皮肉なことに、彼はイスラム教シーア派に対しても特に敵対的な態度をとるようになった。この時期の1017年に、アル＝ハーキムを神聖な存在とする啓示（カシュフ）に基づいた独立した宗教として、独自のドルーズ派宗教が発展し始めた。
治世の最後の数年間、ハーキムは禁欲主義への傾倒を強め、定期的に瞑想のために引きこもるようになった。1021年2月12日から13日にかけての夜、35歳のハーキムはカイロ郊外のモカッタム丘陵への夜の旅に出たまま、二度と戻らなかった。捜索の結果、彼のロバと血に染まった衣服だけが見つかった。この失踪は謎のままであるが、彼の不寛容な政治に反対していた姉妹のスィット・アル＝ムルクが暗殺を画策した可能性が高い。 アル＝ハーキムの後継者には、スィット・アル＝ムルクの摂政の下で、幼い息子のアル＝ザーヒルが就いた。
アル＝ハーキムは最終的に、イスラム教への改宗を望まなかったキリスト教徒とユダヤ教徒が元の信仰に戻り、破壊された礼拝所を再建することを許可した。実際、1012年から1021年にかけて、アル＝ハーキムはユダヤ教徒とキリスト教徒に対してより寛容になり、スンナ派に対しては敵対的になった。皮肉なことに、彼はイスラム教シーア派に対しても特に敵対的な態度をとるようになった。この時期の1017年に、アル＝ハーキムを神聖な存在とする啓示（カシュフ）に基づいた独立した宗教として、独自のドルーズ派宗教が発展し始めた。
治世の最後の数年間、ハーキムは禁欲主義への傾倒を強め、定期的に瞑想のために引きこもるようになった。1021年2月12日から13日にかけての夜、35歳のハーキムはカイロ郊外のモカッタム丘陵への夜の旅に出たまま、二度と戻らなかった。捜索の結果、彼のロバと血に染まった衣服だけが見つかった。この失踪は謎のままであるが、彼の不寛容な政治に反対していた姉妹のスィット・アル＝ムルクが暗殺を画策した可能性が高い。 アル＝ハーキムの後継者には、スィット・アル＝ムルクの摂政の下で、幼い息子のアル＝ザーヒルが就いた。
