治世の最後の数年間、ハーキムは禁欲主義への傾倒を強め、定期的に瞑想のために引きこもるようになった。1021年2月12日から13日にかけての夜、35歳のハーキムはカイロ郊外のモカッタム丘陵への夜の旅に出たまま、二度と戻らなかった。捜索の結果、彼のロバと血に染まった衣服だけが見つかった。この失踪は謎のままであるが、彼の不寛容な政治に反対していた姉妹のスィット・アル=ムルクが暗殺を画策した可能性が高い。
アル=ハーキムの後継者には、スィット・アル=ムルクの摂政の下で、幼い息子のアル=ザーヒルが就いた。
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