皇帝としての主張にもかかわらず、フリードリヒの統治は帝国における中央集権的な支配が崩壊に向かう大きな転換点となった。彼はシチリアに近代的で中央集権的な国家を確立することに集中していたため、ドイツを留守にすることが多く、ドイツの世俗諸侯や聖界諸侯に対して広範な特権を与えた。1220年の「聖界諸侯との協約（Confoederatio cum principibus ecclesiasticis）」において、フリードリヒは関税、貨幣鋳造、要塞化など、多くのレガリア（王権）を司教たちに譲渡した。
帝国とシチリアの統合による脅威を恐れた教皇インノケンティウス3世は、フリードリヒ2世の支持を得た。フリードリヒはドイツへ進軍し、オットーを打ち破った。勝利後、フリードリヒは両国を分離しておくという約束を実行しなかった。ドイツ進軍前に息子のハインリヒをシチリア王にしていたものの、実質的な政治権力は自分自身のために留保していた。これは1220年にフリードリヒが皇帝として戴冠した後も続いた。フリードリヒの権力集中を恐れた教皇は、ついに皇帝を破門した。もう一つの争点は、フリードリヒが約束しながらも繰り返し延期していた十字軍であった。
皇帝としての主張にもかかわらず、フリードリヒの統治は帝国における中央集権的な支配が崩壊に向かう大きな転換点となった。彼はシチリアに近代的で中央集権的な国家を確立することに集中していたため、ドイツを留守にすることが多く、ドイツの世俗諸侯や聖界諸侯に対して広範な特権を与えた。1220年の「聖界諸侯との協約（Confoederatio cum principibus ecclesiasticis）」において、フリードリヒは関税、貨幣鋳造、要塞化など、多くのレガリア（王権）を司教たちに譲渡した。
帝国とシチリアの統合による脅威を恐れた教皇インノケンティウス3世は、フリードリヒ2世の支持を得た。フリードリヒはドイツへ進軍し、オットーを打ち破った。勝利後、フリードリヒは両国を分離しておくという約束を実行しなかった。ドイツ進軍前に息子のハインリヒをシチリア王にしていたものの、実質的な政治権力は自分自身のために留保していた。これは1220年にフリードリヒが皇帝として戴冠した後も続いた。フリードリヒの権力集中を恐れた教皇は、ついに皇帝を破門した。もう一つの争点は、フリードリヒが約束しながらも繰り返し延期していた十字軍であった。
