Bach was ongeveer vier maanden afwezig
Ondanks sterke familiebanden en een muzikaal enthousiaste werkgever, liepen de spanningen tussen Bach en de autoriteiten na enkele jaren in de functie op. Bach was ontevreden over het niveau van de zangers in het koor. Hij noemde een van hen een "Zippel Fagottist" (onbenullige fagottist). Op een late avond ging deze student, genaamd Geyersbach, achter Bach aan met een stok. Bach diende een klacht in tegen Geyersbach bij de autoriteiten. Zij spraken Geyersbach vrij met een kleine berisping en bevalen Bach om gematigder te zijn wat betreft de muzikale kwaliteiten die hij van zijn studenten verwachtte. Enkele maanden later verstoorde Bach zijn werkgever door een langdurige afwezigheid uit Arnstadt: na verlof voor vier weken te hebben gekregen, was hij in 1705–1706 ongeveer vier maanden afwezig om de organist en componist Dieterich Buxtehude te bezoeken in de noordelijke stad Lübeck. Het bezoek aan Buxtehude omvatte een reis van 450 kilometer per enkele reis, naar verluidt te voet.