Kiedy konkwistadorzy powrócili do Peru w 1532 roku, wojna o sukcesję między synami Sapa Inki Huayna Capaca, Huáscarem i Atahualpą, oraz niepokoje na nowo podbitych terytoriach osłabiły imperium. Co być może ważniejsze, z Ameryki Środkowej dotarły ospa, grypa, tyfus i odra.
