Lincoln substituiu o Secretário de Guerra Simon Cameron por Edwin Stanton
Lincoln monitorava minuciosamente os relatórios telegráficos que chegavam ao Departamento de Guerra. Ele acompanhava todas as fases do esforço, consultando governadores e selecionando generais com base em seu sucesso, seu estado e seu partido. Em janeiro de 1862, após reclamações de ineficiência e especulação no Departamento de Guerra, Lincoln substituiu o Secretário de Guerra Simon Cameron por Edwin Stanton. Stanton centralizou as atividades do Departamento de Guerra, auditando e cancelando contratos, economizando US$ 17.000.000 para o governo federal.
