Lacuna de mísseis
Kennedy candidatou-se à presidência em 1960, sendo uma das suas principais questões eleitorais uma suposta "lacuna de mísseis" com os soviéticos.

terça-feira out. 16, 1962 para segunda-feira out. 29, 1962
Cuba
A Crise dos Mísseis de Cuba, também conhecida como Crise de Outubro de 1962, Crise das Caraíbas ou o Susto dos Mísseis, foi um confronto de 35 dias entre os Estados Unidos e a União Soviética, que escalou para uma crise internacional quando as instalações americanas de mísseis na Itália e na Turquia foram igualadas por instalações soviéticas de mísseis balísticos semelhantes em Cuba.
Kennedy candidatou-se à presidência em 1960, sendo uma das suas principais questões eleitorais uma suposta "lacuna de mísseis" com os soviéticos.
Em 1961, a América descobriu que os soviéticos tinham apenas quatro mísseis balísticos intercontinentais (ICBMs) R-7 Semyorka.
A URSS emitiu um ultimato exigindo a retirada de todas as forças armadas de Berlim, incluindo as forças armadas ocidentais em Berlim Ocidental. A crise culminou na partição de facto da cidade com a construção do Muro de Berlim pela Alemanha Oriental.
No final de 1961, Fidel Castro pediu mais mísseis antiaéreos SA-2 à União Soviética. O pedido não foi atendido pela liderança soviética.
No início de 1962, um grupo de especialistas militares e de construção de mísseis soviéticos acompanhou uma delegação agrícola a Havana.
Em janeiro de 1962, o General do Exército dos EUA Edward Lansdale descreveu planos para derrubar o governo cubano num relatório ultrassecreto (parcialmente desclassificado em 1989), endereçado a Kennedy e a funcionários envolvidos na Operação Mongoose.
Timothy Naftali defendeu que a demissão de Escalante foi um fator motivador por trás da decisão soviética de colocar mísseis nucleares em Cuba em 1962.
Em fevereiro de 1962, os EUA lançaram um embargo contra Cuba, e Lansdale apresentou um cronograma ultrassecreto de 26 páginas para a implementação da derrubada do governo cubano.
Em maio de 1962, o Primeiro Secretário soviético Nikita Khrushchev foi persuadido pela ideia de contrariar a crescente liderança dos EUA no desenvolvimento e implantação de mísseis estratégicos, colocando mísseis nucleares soviéticos de médio alcance em Cuba.
Em maio, Khrushchev e Castro concordaram em colocar mísseis nucleares estratégicos secretamente em Cuba.
Especialistas em construção de mísseis sob o disfarce de "operadores de máquinas", "especialistas em irrigação" e "especialistas agrícolas" chegaram em julho.
O diretor da CIA, John A. McCone, estava desconfiado. Enviar mísseis antiaéreos para Cuba, raciocinou ele, "só fazia sentido se Moscovo pretendesse usá-los para proteger uma base de mísseis balísticos apontados para os Estados Unidos". Em 10 de agosto, ele escreveu um memorando para Kennedy no qual supunha que os soviéticos estavam a preparar-se para introduzir mísseis balísticos em Cuba.
A primeira questão que levou a uma pausa nos voos de reconhecimento ocorreu em 30 de agosto, quando um U-2 operado pelo Comando Aéreo Estratégico da Força Aérea dos EUA sobrevoou a Ilha Sakhalin, no Extremo Oriente soviético, por engano.
Em 31 de agosto, o senador Kenneth Keating (R-Nova Iorque) alertou no plenário do Senado que a União Soviética estava "com toda a probabilidade" a construir uma base de mísseis em Cuba. Ele acusou a administração Kennedy de encobrir uma grande ameaça aos EUA, iniciando assim a crise.
Em setembro de 1962, analistas da Agência de Inteligência de Defesa (DIA) notaram que os locais de mísseis terra-ar cubanos estavam dispostos num padrão semelhante aos usados pela União Soviética para proteger as suas bases de ICBM, levando a DIA a pressionar pela retoma dos voos U-2 sobre a ilha.
A primeira remessa de mísseis soviéticos R-12 chegou na noite de 8 de setembro, seguida por uma segunda em 16 de setembro. O R-12 era um míssil balístico de médio alcance, capaz de transportar uma ogiva termonuclear.
Em 15 de outubro, o Centro Nacional de Interpretação Fotográfica (NPIC) da CIA reviu as fotografias do U-2 e identificou objetos que interpretaram como mísseis balísticos de médio alcance.
Em 17 de outubro, o funcionário da embaixada soviética Georgy Bolshakov trouxe ao Presidente Kennedy uma mensagem pessoal de Khrushchev garantindo-lhe que "sob nenhuma circunstância mísseis terra-terra seriam enviados para Cuba".
Em 19 de outubro, o EXCOMM formou grupos de trabalho separados para examinar as opções de ataque aéreo e bloqueio, e à tarde a maior parte do apoio no EXCOMM mudou para a opção de bloqueio.
Kennedy reuniu-se com membros do EXCOMM e outros altos conselheiros ao longo de 21 de outubro, considerando duas opções restantes: um ataque aéreo principalmente contra as bases de mísseis cubanas ou um bloqueio naval de Cuba.
Em 22 de outubro às 19:00 EDT, Kennedy fez um discurso televisionado em todo o país em todas as principais redes anunciando a descoberta dos mísseis.
Às 22:00 EDT, os EUA elevaram o nível de prontidão das forças do SAC para DEFCON 2. Pela única vez confirmada na história dos EUA, os bombardeiros B-52 entraram em alerta aéreo contínuo, e os bombardeiros médios B-47 foram dispersos para vários campos de aviação militares e civis e preparados para descolar, totalmente equipados, com 15 minutos de aviso.
No sábado, 27 de outubro, após muita deliberação entre a União Soviética e o gabinete de Kennedy, Kennedy concordou secretamente em remover todos os mísseis instalados na Turquia e possivelmente no sul da Itália, o primeiro na fronteira da União Soviética, em troca de Khrushchev remover todos os mísseis em Cuba.
A capacidade nuclear soviética em 1962 dava menos ênfase aos ICBMs do que aos mísseis balísticos de médio e intermediário alcance (MRBMs e IRBMs).