Бах був відсутній близько чотирьох місяців
Попри міцні родинні зв'язки та музично захопленого роботодавця, через кілька років після вступу на посаду між Бахом і владою виникла напруженість. Бах був незадоволений рівнем співаків у хорі. Він назвав одного з них «Zippel Fagottist» (нікчемний фаготист). Пізно ввечері цей учень на ім'я Гайерсбах напав на Баха з палицею. Бах подав скаргу на Гайерсбаха до влади. Вони виправдали Гайерсбаха, зробивши йому незначне зауваження, і наказали Баху бути більш поміркованим щодо музичних якостей, яких він очікував від своїх учнів. Через кілька місяців Бах розгнівав свого роботодавця тривалою відсутністю в Арнштадті: отримавши відпустку на чотири тижні, він був відсутній близько чотирьох місяців у 1705–1706 роках, щоб відвідати органіста і композитора Дітріха Букстехуде в північному місті Любек. Візит до Букстехуде передбачав подорож на 450 кілометрів (280 миль) в один бік, як повідомляється, пішки.