Venezuela được tuyên bố độc lập
Sau các sự kiện đó, Bolivar tiếp tục cai trị trong một môi trường loãng, bị dồn vào thế bí bởi các tranh chấp phe phái. Các cuộc nổi dậy đã xảy ra ở New Granada, Venezuela và Ecuador trong hai năm tiếp theo. Những người ly khai cáo buộc ông phản bội các nguyên tắc cộng hòa và muốn thiết lập một chế độ độc tài vĩnh viễn. Gran Colombia tuyên chiến với Peru khi tổng thống, Tướng La Mar, xâm lược Guayaquil. Sau đó, ông bị Thống chế Antonio José de Sucre đánh bại trong Trận Portete de Tarqui vào ngày 27 tháng 2 năm 1829. Sucre bị ám sát vào ngày 4 tháng 6 năm 1830. Tướng Juan José Flores muốn tách các tỉnh phía nam (Quito, Guayaquil và Azuay), được gọi là Quận Ecuador, khỏi Gran Colombia để thành lập một quốc gia độc lập và trở thành Tổng thống đầu tiên của quốc gia đó. Venezuela được tuyên bố độc lập vào ngày 13 tháng 1 năm 1830 và José Antonio Páez giữ chức tổng thống của quốc gia đó, trục xuất Bolivar.